(1)、自理报关单位持报关单录入权操作员卡的操作员进入中国电子口岸报关单录入界面，可先下载本企业征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据(数据暂存在本地数据库);
(2)、录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心，进入自理报关审核申报业务流程;
2、自理报关审核申报业务流程：
自理报关单位持报关单审核申报权操作员卡的操作员进入中国电子口岸的报关单审核申报界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。若审核不通过，则需要将报关单下载本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。审核通过后进入自理报关申报确认业务流程;
3、自理报关申报确认业务流程：
(1)、自理报关单位持报关单申报确认权操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸报关单申报确认界面，对报关单进行确认申报操作，经申报确认后的报关单通过公共数据中心传海关内部网。 如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
(2)、自理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。
二、委托报关
受理委托报关的单位有：
1、专门从事报关服务的企业，即专业报关企业;
2、对外贸易仓储、国际运输工具、国际运输工具服务及代理等业务，兼营报关服务业务的企业，即代理报关企业。
受理委托报关的单位代理办理的报关手续，包括：报关单录入时的备案数据下载协议、报关单审核委托书、报关单申报委托书或报关单审核申报和申报确认委托书。并向海关出具委托单位的报关委托书。
报关单录入申报子系统提供进出口单位通过网上填写申报委托书或者备案数据下载协议，委托有权代理报关业务的单位代其办理某项报关业务，如：报关单录入、报关单审核、报关单申报或报关单审核和申报。有权进行代理报关业务的单位可在网上 接受并确认委托单位的报关委托申请，并在备案数据下载协议和报关委托书的授权范围内代理委托单位网上办理相应的报关业务。
委托报关网上业务流程(在进行此项操作前必须先按照网上报关委托业务的流程建立委托关系)：
1、 代理报关单录入业务流程：
(1)、代理报关单位持报关单录入权操作员卡的操作员进入中国电子口岸报关单录入界面，在备案数据下载协议的授权范围内下载本委托单位的征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据(数 据暂存在本地数据库);
(2)、录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心;
2、代理报关审核申报业务流程： 代理报关单位持报关单审核申报权操作员卡的操作员进入中国电子口岸的报关单审核申报界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。则需要将报关单下载本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。审核通过后进入自理报关申报确认业务流程;
3、代理报关申报确认业务流程：
(1)、代理报关单位持具报关单申报确认权操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸报关单申报确 认界面，对报关单进行确认申报操作，经申报确认后的报关单通过公共数据中心传海关内部网。如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
(2)、代理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。
三、转关运输提前录入、申报业务
报关单录入、申报子系统提供自理报关企业、专业报关企业、代理报关企业网上办理所需的转关运输提前录入、 申报业务，但代理报关企业、专业报关企业应用该系统进行转关运输报关单、转关运输申报单的提前录入、申报时，必须事先通过本系统与委托方签定委托报关协议。
网上转关运输录入、申报业务流程：
1、自理报关企业转关运输录入、申报网上业务流程：与网上自理报关业务流程类同;
2、代理报关企业转关运输录入、申报网上业务流程：与委托报关业务网上流程类同;
四、报关单清单录入申报业务
报关单清单录入申报子系统提供给IT企业或其他需要报关单清单业务的企业，其主要功能包括：报关单清单录入、申报;报关单清单的综合查询;海关回执的查询等。
网上报关单清单业务流程：
1、报关单清单单位的录入员进入中国电子口岸报关清单页面，下载备案数据后，脱机录入报关单清单，录入完毕，将所录的报关单清单数据信息上载到数据中心;
2、报关单清单单位的操作员持有操作员卡进入中国电子口岸报关清单页面，查询所上载报关单清单的回执信息。如该报关单清单回执状态为已通过，则下载已通过的报关单清单，以进行报关单的操作。
海运拼箱单证
无论是进口或出口拼箱货物，从总的流程上均可分为以下三种流程：货物流，指货物从生产仓库经过各种运输环节最终到达收货人的仓库或工厂;资金流，指货物从运输的起点到终点所发生的各种费用，包括货款，陆运费、海运费、仓储费、港杂费等;信息流，指反映货物在不同运输阶段所处的内在质量和外包装及位移所产生的各种变化。在信息流中，单证的传递是很重要的一个方面。
进出口拼箱货运单证在其整个传递过程中有三个重要阶段，一、出口报关，订舱阶段;二、CFS接货、装箱及集港装船阶段;三、货物离港及到目的港，通关、提货阶段。
一、出口报关，订舱阶段
主要单证有：1.订舱委托书;2.报关委托书(货主自报关可省略);3.报关单;4.商业发票;5.装箱单、重量单;6.出口许可证;7.商检证;8.产地证明书;9.保险单;10.出口拼箱货物装箱准单及其它相关单据。用其确定该票货物的如下属性：
(一)物理属性：1.品名;2.毛重;3.体积;4.件数与包装;5.标记和号码。
(二)运输属性：1.发货人;2.收货人;3.通知人;4.船名、航次;5.装货港;6.卸货港;7.目的地;8.运输交接方式;9.运费支付方式。 字串8
(三)法律属性：1.是否符合出口国有关法律规定;2.是否符合进口国有关法律规定;3.海关是否已同意出口放行。
拼箱公司作为承运方接货承运，首先要注意该票货的报关单据和委托书是否相符，是否一票一单;其次还要及时核对舱位配载情况，确保该票货物按发货人要求的航班及时间配载，最后通知CFS做好接货准备。此时单证及相关信息的准确无误十分关键，如发生问题要及时通知发货人及相关部门。发货人最好选择有自己出口拼箱货物装箱准单及CFS的专业拼箱公司来代理出口运输业务，如一时找不到该公司的准单，事后一定要告之该公司在准单的第四联加盖该拼箱公司的签单章。
二、CFS接货、装箱及集港装船阶段
1. 此阶段除报关时的重要单证外，拼箱公司还要缮制装货单以备二次报关使用。该装货单的场站收据副本、场站收据副本大副联、场站收据、海关副本、港口费收结算联不可遗漏。装货单的发货人需填拼箱公司，收货人需填拼箱公司在目的港或转口港的代理，还应将该批箱货的所有装箱准单号、标记和号码、件数与包装、品名、毛重、体积等相关数据依次填写清楚。
2. 此阶段不但要进一步核实报关单据与委托书之间是否相符，而且要核实单货之间是否相符，做到万无一失。
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3.如发生货物品名、重量、数量 等和实际情况及相关法规不符，要及时与货主及有关方面联系，变更单据使其和货物的实际情况相符。如知情不报，在后续运输及通关环节上发生问题，拼箱公司应承担相应责任。
三、 货物离港及到目的港通关、提货阶段
1. 缮制海运提单，其主要内容有：①收货人的名称和地址;②发货人的名称和地址;③提单的签发日期、地点;④接受、交付货物的地点;⑤货物的标志;⑥货物的名称、包装、件数、重量及尺码;⑦货物外表良好状况;⑧签发提单份数;⑨运输条款;⑩运费条款。
集装箱提单是海上运输的重要单证，其作用如下：
① 责任划定。集装箱海运提单一经签发，即表明承运人已收到该货物并对运输的安全负有责任。
② 交货的凭证。拼箱公司将提单送寄目的港的代理人，以取得提货的权利。
③ 运输合同的订立。集装箱海运提单一经签发，集装箱的承运人凭其收取运费，并承诺安全无误地完成该集装箱的货物运输任务。
④ 物权凭证。谁拥有提单，谁就掌握了货物的所有权，并可自由转让买卖。
2.缮制小提单(House B/L)。集装箱拼箱是由若干个发货人和收货人的货物所组成，拼箱公司根据其装箱准单分别缮制成相对应的小提单。
3.提货单。拼箱收货人在目的港以小提单在交付相关费用后从拼箱公司的代理处换取提货的凭证，并据此及相关单据进行清关。
单证伴随着整个物流运转，参与货物运输的许多当事人是看不到实际货物的，而唯一能够查核的就是单证，单证的准确无误，及时送达，在货物运输中至关重要。
外贸单证：出口制单注意事项
1.场地号若为宁波海关报关选“宁波海关”在输单结束后保存单子后会产生宁波关区的报关单号码014xxxxxx，若为北仑海关报关报就选“北仑海关”（默认值），保存单子后会产生北仑关区的报关单号码044xxxxxx。
2.申报编号在输单的时候是不用输入的，报关号会在保存后产生，只有在修改或调用以前的单子时才输入号码，回车后会跳出该单的信息。
3.备案号是输手册号码或免表号码的，输入后会跳出手册信息
4.出口口岸不论是哪里报关，只要是从北仑口岸出口的就输 “北仑”（3104）。
5.合同号出口通常不用输入合同号，只有当输入手册等单子时，计算机自动跳出的合同号可以不加修改，让其保留。
6.出口日期不用输入。
7.申报日期不用输入，计算机会自动产生。
8.经营单位输入出口单位的10位数编码，若10位数编码没有，也可以输入中文，但要绝对准确，不然在其后的方框内不能跳出10位数编码。
9.提运单号输入提单号码，要仔细，因为计算机是不会校对提单号的，字母数字又长，报关员校对时也较难对出。
10.发货单位通常和经营单位一样，可以跳过（因为在输10位数编码的时候，它会一同跳出），当货主有明确指明时输货主指定的单位名称。
11.货源地会根据发货单位的10位数编码自动跳，如果是在浙江省内的，可以不改，如果是在浙江省外的，输浙江其他（33909），或者货主有明确指明的按货主要求输。
12.运输工具输江海运输（2）
13.船名航次输三联单上的船名，通常没有空格，/用来区分船名和航次，航次通常没有V.这个在货主制作的报关单上出现时，通常表示航次（Vessle）的缩写。输完后回车，不要多按，只按一下，看计算机是否会跳过。若跳过了，说明输入的信息没问题，若计算机提示船名航次错，要仔细检查是否输错，如果确实按三联单上的一样但还跳不过，也是有可能的（计算机内还没有该船的信息），在拉出后的报关单上注一笔以提示报关员。
14.申报单位输我司代码。
15.贸易方式一般贸易（110），其他的贸易方式通常是按手册等计算机会自动跳出，不用修改，跳过就行了。
16.指运港输目的港，如果目的港跳不出（说明不是法定港口），输入该港口所在的国家代码。不确定是否为法定港口或国家时可以在输单网站首页上查询。
17.抵运国地输目的国。
18.结汇方式按货主要求填写，通常发票上会有显示，T/T为2，L/C为6，D/P为4。
19.征免性质要和贸易方式对应，一般贸易通常为一般征税（101），做手册但又是一般贸易时输其他法定（299），进料对口对应进料加工，来料加工对应来料加工。一般贸易时但经营单位10位数编码的第6位是2.3.4是要按对应的征免性质填：2---602，3---601，4---603
20.纳税方式跳过
21.许可证号跳过
22.批文号输核销单号码
23.成交方式不论单证以和方式成交的，一律输FOB（3），若单证是CFR或CIF成交的要在备注栏内注明CFR或CIF价格，例：CFR USD1100
24.运费/率不输，跳过
25.保费/率不输，跳过
26.杂费/率不输，跳过
27.件数输件数
28.包装种类按实际包装输，纸箱（2），木箱（1）。
29.毛重净重一律按四舍五入输入
30.随附单据输该单所有的HS编码所要求的监管条件的代码，例B，a，此方框内，不得输入任何其他符号。若输单是不知道监管条件，暂时可不输，但在整票单子输完后保存时，计算机会提示，此时一定要注意，必须输入计算机所提示的监管条件的代码，即使当时还没有证件的号码。可以输一些明显是错误的数字或字母，以便报关员在校对是能很容易的发现。（除非是那些非必要的监管条件代码可以不输，比如说有些HS要提供配额G，但配额是和出口的目的国有关，有些国家需要，有些则不需要，在这种情况下，如果该单确实是不用该监管条件的可以不输）。
31.报关员输报该单的报关员的号码，千万不要输错，因为报关员通常不会校对这种信息。
32.备注栏输证件栏内输不下的证件号码，CNF价CIF价，或货主要求的内容（如飞达仕的发票号）。
33.证件栏必须按随附单据栏里的监管条件输入证件号码：监管代码加冒号加证件号码，例B:380100203001234。有多个监管代码时，通常空开一格后输下一个，输不下时，可以把监管代码输在证件栏里（也是必须的），把证件的号码输在备注栏里。证件栏内的证件代码一定要和随附单据栏对应，否则计算机会在保存的时候提示，即使当时没有证件，也应输入证件的代码，例A:xxxxxxxxx。该栏内不得输入任何不符要求的代码，例如全角符号是不允许的。
34.当证件号码和备注栏的内容过多而导致输不输不下时，可以适当缩写，以不能产生混淆为佳。例有多张通关单，前面相同的部分可以省略380100103001234/44/55。
35.做手册的单子在输商品项时只要输入手册项号，就会跳出该商品项的信息，只要修改商品的数量和成交总价，用途就可以了。
36.品名按货主所提供的写，不确定时要在拉出后的报关单上注明，以待确认。
37.输商品编码时，输完8位HS编码后，计算机会在屏幕上部跳出该HS的解释，此时应看一下所报的品名和所解释的内容是否一致，若有疑问要在拉出的报关单上注明。这里要重视，因为报关员在校对单子时是看不到HS的解释的，而且也不可能每个HS都到书上去确认，所以在输单的这个环节一定要把好这一关。
38.规格型号商品有明确型号的，或货主要求输型号的要输入型号，通常可以不输。当货主的成交单位不是法定的计量单位时，可以把货主的成交单位注明在此栏，例塑料制品货主通常是按个成交的，但法定计量是千克，可以把PCS数在规格栏内注明。
39.产销国输目的国
40.成交单位计算机会根据HS编码自动跳，跳过。后面的数量按实际数量填写，不四舍五入
41.法定单位计算机会根据HS编码自动跳，跳过。后面的数量按实际数量填写，不四舍五入
42.第二单位跳过
43.币制按单证填写，例：美圆（502）
44.单价跳过（后面输总价的时候，计算机会自动计算出单价）
45.用途通常为其他（11），手册来料加工为加工返销
46.征免通常为照章，手册来料加工为全免
47.大部分要输中文的空格内都可以输代码，港口或国家的地方可以直接输英文，若跳不出要么是输错了，要么所输的不是法定港口或国家。
48.常用贸易方式：
贸易方式 征免性质 用途 征免
一般贸易 一般征税 其他 照章
进料对口 进料加工 加工返销 全免
来料加工 来料加工 加工返销 全免
有手册时但一般贸易报关
一般贸易 其他法定 其他 全免
49.箱型箱数
一个20尺的货柜为一个标准箱，一个40 尺的货柜为二个标准箱（不论是否是高箱）。输入箱号后回车就可以保存，在按回车就可以检查进场信息。通常在这个环节只要多按几下回车就可以了。有当天附近的进场日期的说明该箱子已经进场，若显示为0则表示没有进场。如果箱子的进场日期远早与当时的日期说明是该集装箱前一次进场的信息，此信息是无效的，和显示0的效果是一样的。如果箱子未进场就要仔细校对箱号，以免因箱号输错
50.单子审结后拉正本报关单时要注意经营单位10位数编码的第6位，规则如下：
一般贸易的，第6位数是2，3，4的拉蓝单，不是2，3，4的拉白单
进料加工的，第6位数是2，3，4的拉蓝单，不是2，3，4的拉进料加工专用单
来料加工的，第6位数是2，3，4的拉蓝单，不是2，3，4的拉来料加工专用单