国家对公司企业和合伙企业实行不同的纳税规定。国家对公司营业利润在企业环节上课征公司税，税后利润作为股息分配给投资者，个人投资者还需要缴纳一次个人所得税。而合伙企业则不然，营业利润不交公司税，只课征合伙人分得收益的个人所得税。 个人独资企业不需要缴纳企业所得税，只需要缴纳个人所得税。
产权结构不同：
合伙企业的产权结构是一元结构，而公司的产权结构是二元结构。
清算债务不同：（1）公司是法人，合伙企业则不是法人。公司的财产属公司所有，不是股东共有，公司的业务由其机关来执行，与股东无直接关系；（2）由于合伙企业不是法人，其财产属于合伙人共有，但不同于一般共有，在合伙存续期间不能要求分割，合伙企业的业务由合伙人共同执行，也可委托合伙人一人或数人执行。（3）公司债务，债权人只能要求公司偿还，股东所负责任仅以其出资额为限；合伙企业债务，债权人可向一个合伙人或全体合伙人要求偿还，每个合伙人对合伙债务负连带的、无限的责任。（4）公司股东死亡和退出，不影响公司的存在；合伙人如果死亡或退伙时，合伙即解散，公司股东可以转让自己的股份；合伙人出资的份额不得任意转让.（5）个人独资企业由于投资者个人的财产与企业财产没有严格的区分，所以，一旦企业出现资不抵债的情况，不仅要以企业的财产来承担责任，还要用投资者个人的其他财产来偿还债务.
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合伙企业与个人独资企业相同点：
（1）对企业有所有权,承担无限连带责任.(2)都不具备法人地位,但可以起字号,区别于公司企业的民商事主体.(3)二者设立的程序简单
公司与合伙企业的相同点：
合伙企业与公司都可以独立核算、可以从事经营活动