1. 配送中心运作效率低
连锁经营的核心—配送中心配送是指以客户的需求为先导，围绕商品组配与送货而展开的接受汀货、预先备货、分拣加工、配货装货、准时送货通货等一系列服务工作的总称配送中心是承担物流专业化管理职能的组织机构，它是连锁经营的核心这是因为连锁经营的集中化、统一化管理在很大程度上是靠配送中心来具体实施的，通过配送中心的作业活动，不仅可以简化门店的活动，从而降低连锁企业的物流总费用，而且还能实现商品在流通领域中的增值，并向门店提供增值服务。我国的配送中心发展还很慢，经常会出空车返回的现象，非宋徽宗新对于饭店的配送仅为30%，而国外的配送中心对分店所经营的尚平的配送为70%多。因此我国的配送中心的配送效率还很低。
2. 连锁经营的信息化程度低论文网http://www.751com.cn/
连锁经营作为大流通的最具代表性的组织形式，依靠现代化的管理工具能够迅速发展和极大地提高经营效率。现代化的主要特征之一——信息技术日益渗透到商业组织经营管理之中，连锁经营运作存在着人流、物流、资金流和信息流，信息流综合反映其他三条流的动态变化，信息系统处理着各种数据信息，将复杂的数据信息统计汇总成决策者所需要的各种简单信息。庞大的连锁经营网络，每日实现的销售业务信息成千上万条，运用计算机管理，能使连锁公司管理决策层随时了解繁纷的经营信息，掌握商业动态。我国的信息化成对比较低，目前为止，还有手动的结算方式，及使有POS机的也很难实现
3 、连锁经营运作不规范。
缺乏一整套完整的管理运营手册，是总部的监管力度不够，有的分店甚至在不正当利益的驱使下，自行进行进货，这样一来就是的产品的价格和质量存在很大之问题，由于分店私自进货，所以采购的商品质量得不到保证，顾客买回家发现质量不好就会退货，或者是投诉，从而影响顾客的忠诚度，这样的连锁反应，对公司的形象时非常不利的。所以说，我国的运行方式还有很大的问题，我们就应该做好防范的准备。
（二） 我国连锁经营太急于求成
我国连锁企业在经营的过程中太急于求成，也使其陷入困境的重要原因。很多连锁店在没有经过认真的市场调研，就盲目的开店，结果开了没多久就关门大吉了。具体表现在: