目前，我国很多中小企业由于控制薄弱导致经营状况不断恶化，内部控制的效果并不理想。存在的问题主要表现在以下几个方面：
（一）管理者对内部控制认识不足
有些管理人员认为没有必要建立内部控制，由于中小企业组织结构相对简单，其经营权与所有权高度集中，各项指令执行能够快速落实，因此，管理者往往会忽视内部控制制度的建立。
1.管理者对内部控制的误解
他们认为内部控制就是内部成本控制、内部资产安全性控制，从而导致企业内部控制残缺不全；相当一部分管理者把内部控制看做是一堆文件、手册和制度，遇到具体问题时，以强调灵活性为由而不按规矩程序办理，大事小事领导说了算；有些管理者无视会计法律的存在，有章不循、有法不严，使内部控制失去了刚性和严肃性；有些管理者甚至为了谋取个人利益或集体的利益不择手段，弄虚作假、篡改账目。
2.内部人控制不合理
企业股东会、董事会、监事会和经理层，本应分别履行权利机构职能、决策职能、监督职能和执行董事会决策的经营职能，形成权责分明，协调运转，有效制衡的组织机构。但在现阶段，中小企业由于法人治理结构不够完善等原因，企业内部人控制现象非常突出，主要表现在：
（1）董事会作用严重弱化
目前，一些中小企业在形式上设置了董事会、监事会，聘任了总经理，但在实际运行中真正的法人治理结构并未建立，董事会的监控作用严重弱化。一方面，由于董事会由股东掌握，比较难以形成独立的董事会来保证健全的经营、决策机制以及经理层考核机制；另一方面，经营管理层占董事会的大多数席位，形成内部董事会占优势的格局，没有建立以董事会为主体的内部控制机制，董事会无法真正起到约束经营者日常行为，保护股东和其他利益团体利益的作用。本文来自辣.文~论^文·网原文请找腾讯324.9114
（2）“内部人控制”现象加剧
我国中小企业中董事会与总经理普遍兼任的现象加剧了董事会的“内部人控制”现象。董事会及公司经营管理的权利集中于法定代表人一身，降低了对高级管理人员监督的有效性，使“内部人控制”现象不断升级，不利于董事会和管理层在更大范围内接受多元化产权主体的监督和约束；同时，由于“所有者缺位”以及小股东力量太薄弱，导致关键人在缺乏制衡机制的情况下，自觉或不自觉地凌驾于内部控制之上，侵害股东利益，增加股东的代理成本。图书馆管理系统设计(论文+JSP源代码+概述+总结+界面图片)
（二）现有的内部控制制度体系不完善
1.经营管理方式
大部分中小企业仍习惯于甚至满足于传统的经营管理方式，没有建立自我防范与约束机制，偏重事后控制而忽略了事前预防控制。在实际工作中，通常是待违纪违规行为发生后设法堵塞或予以惩罚，导致内部成本较高，收效甚微，使内部控制失去效力。
2.资产控制
在资产控制上，有的中小企业只注重钱财物等有形资产的管理控制，而忽视了对人员素质、信息等无形资产的控制，使内部控制不能全方位地发挥控制作用