3.课程设计报告内容（具体步骤）
3.1 获取DNA目标序列
在genbank里的人类基因组1号染色体中找到含有Nos1ap基因的sequence，其长度为116882bp，GenBank: AL512785.7，GI:16973022，VERSION :AL512785.7（具体内容见光盘中的sequence）。
3.2 使用Repeat Masker 软件遮蔽重复序列
3.2.1 打开http-://www.girinst-org/这个网址后，点击屏蔽重复序列的软件Repeat Masking，在新出现页面中的Sequence source选择Homo sapiens，然后输入序列后，得出的结果如下图：（具体数据内容参见光盘）
图1 Repeat Masker屏蔽重复序列结果
图2 Repeat Masker屏蔽重复序列结果
由于所选的序列为人类的DNA序列，存在大量的重复序列，这些重复序列或集中成簇，或分散在基因之间。在基因内部也有许多能转录但不翻译的间隔序列（内含子）。因此，在人细胞的整个基因组当中只有很少一部份的DNA序列用以编码蛋白质。
由图1我们可以看出蓝色部分是被屏蔽掉的重复序列，屏蔽后这些重复序列的核苷酸部分被X替换（见光盘）。
由图2可以看出被屏蔽掉的重复序列包括散在的重复序列（Interspersed Repeat）、DNA转座子（DNA transposon）、Mariner/Tc1、帽子结构（hAT）、Endogenous Retrovirus、ERV1、ERV2、ERV3、Non-LTR Retrotransposon（逆转录转座子）、CR1、L1家族的长散在元件、Alu家族的只有人类基因组才有的短散在的DNA重复序列SINE、转座因子（Transposable Element）等等。
3.3 用Genscan探测DNA中的功能性位点
3.3.1 Genscan软件介绍
GENSCAN是美国麻省理工大学的Chris Burge于1997年开发成功的人类（或脊椎动物）基因预测软件，它根据基因的整体结构进行基因预测，其编码区使用五阶的马可夫模型,而不使用来自同源信息的模型,使得Genscan的结果不依靠于
hindi sms http://www.hindisms-hindi.com/ 目前的蛋白库中的相似基因,从而提供了于同源基因识别不一样的方法，是一种"从头预测"软件。
Genscan用于基因的识别外显子、内含子、基因间区域、转录信号、翻译信号、剪接信号等等。基于基因中编码序列和非编码序列区域碱基的统计差异性，根据真核基因的生物结构，建立整体的基因预测模型。其特点是根据CG组分的不同使用不同的参数，可识别序列中的多个基因。该模型也有它的局限性：只能处理相邻状态间的相互作用，只处理蛋白质编码基因(不用于tRNA,rRNA)，翻译单元只考虑了内含子(没有5`,3`不翻译的区域)，重叠转录单元没有考虑一些调整元素没有考虑(增强子)于可选择剪切有关的信号没有包含。对各个结构元件的预测准确性不同，总体来说，对中间外显子预测的准确性高于起始外显子和末端外显子，外显子的准确性高于polyA或启动子。本文来自辣^文'论,文·网原文请找腾讯3249.114
3.3.2 Genscan结果
在http-://mobyle.pasteur-fr/cgi-bin/portal.py?form=genscan的网站中，将步骤3.2中屏蔽的DNA序列黏贴到DNA sequence Files 的方框中，并设一下参数：
1、物种（Organism）：Homo sapiens，
2、选择冗长输出（Verbose output），
3、CDS输出（Print predicted coding sequences），
4、识别亚优势外显子（Identify suboptimal exons (-subopt)），并识别几率（Cutoff value for suboptimal exons）设：0.1，
5、创建附件说明（Create Postscript output (-ps)）。
最后点击RUN，即出来有编码序列的DNA序列。
运用Genscan可以得出启动子Prom（ Promoter）、起始外显子Init（Initial exon）、内在外显子Intr（Internal exon）、末端外显子Term（Terminal exon）、末端PlyA以及其长度和位置。而CDS的组成不包括启动子Prom （ Promoter）和末端PlyA。
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