中温菌，它们生长的温度范围在１０～４５℃之间，最适的生长繁殖温度为２５～４０℃。它们分布在土壤里，其中真菌的最适温度一般在２５～３０℃；细菌的最适温度在３５～３７℃；而放线菌的最适温度介于真菌和细菌之间，为３０～３２℃，个别寄生性的放线菌最适温度都在３７～４０℃之间。另外，在人和温血动物体内寄生的病原菌或肠道中细菌的最适温度，大多数在３７℃左右。
好热菌，它们生长繁殖的温度范围在２５～８０℃之间，最适温度为５０～５５℃。个别的甚至可以在９８℃的泉水中生存。它们多生存在温泉和有机堆肥中，参与堆能、厩肥等有机肥料中的物质分解。青贮饲料和发酵饲料的制作过程中，也往往有此类微生物的参与。好热菌主要是芽胞杆菌和放线菌中的某些种类。
高温杀灭细菌方法分为干热灭菌、湿热灭菌两种。干热灭菌又可分为直接灼热、热空气灭菌；湿热灭菌又可分为高压蒸汽灭菌、间歇灭菌、煮沸消毒等。但无论那种加热的方法，其基本原理是一样的，即通过不同的加热方法使细菌体内蛋白质凝固变性，从而达到杀灭细菌的目的。
直接利用火焰杀死微生物来灭菌的方法有简便、迅速、彻底的优点。工业生产实践中或一些需要无菌操作的用具如接种针、试管口都是用此法来灭菌。细菌试验用的动物尸体也常焚烧防止病菌的传染。
对一些不能直接灼烧的物品常用热空气的方法来灭菌，一般都是在专门制造的烘箱中进行。细菌在１００ ℃下一个半小时就能被杀死，有些芽孢杆菌则需要在１４０℃下２～３小时才能杀死，为了灭菌彻底在实际使用中控制在１６０℃下干热１～２小时进行灭菌。用红外线治疗疾病时也有部分的杀菌作用，这是红外线灯产生的高温的结果，５００瓦的红外线灯温度可达到２００℃，灭菌的速度与热空气基本相同。
在同一温度下，湿热灭菌比干热灭菌效果好。这是因为蛋白质凝固变性与蛋白质中含水量的多少有关，含水量较多者，其凝固所需要的温度较低；反之，含水量较少者，需高温才能使蛋白质凝固，因此杀灭细菌和芽孢比杀灭营养体所需要的温度高。另外湿热比干热的穿透力强。湿热的气体接触灭菌物品便凝结成水，放出潜热能提高温度，从而增加了灭菌的效力。正因为如此，在微生物的工业生产中广泛应用水蒸汽对各种设备、管道、培养基进行灭菌。在利用蒸汽灭菌时，当提高蒸汽压力时就能提高灭菌的温度缩短灭菌的时间。根据这个原理制成的高压灭菌锅成了医院、制药、食品等许多行业中必不可缺的设备。高压蒸汽灭菌是应用最广的一种灭菌方法。
如果把培养基或其他含水的材料放到密闭的高压灭菌锅中，压力升到每平方厘米１千克，这时，锅内的温度可达１２１℃。再文持１５～３０分钟，这样可以达到完全杀死芽胞的目的。
对各种物品进行灭菌所需要的温度和时间并不是完全一致的，温度的高低及时间的长短是以能否杀死耐热的芽孢为依据的。外科手术器械物品的灭菌是根据破伤风杆菌的芽孢的抗热性定为１２１℃１０分钟灭菌或者１１５℃３０分钟灭菌。肉类罐头中会有１２１℃１０分钟才能杀死的棱样状杆菌的芽孢，所以在灭菌时要控制在１２１℃２０～７０分钟进行。各种微生物发酵工业中用的培养基，灭菌则是根据自然界中存在的脂肪芽抱杆菌的芽抱可耐受１２１℃，１２分钟而定为 １２１℃灭菌 １５～３０分钟。
有些培养基（如明胶培养基础、牛乳培养基等）中的营养成分，在高温中会变质，甚至破坏。在这种情况下，可以采用间歇灭菌法。间歇灭菌的温度和时间是１００℃，３０分钟。这样的温度和时间足以杀死一切细菌的营养体，但是不能杀死芽抱，因此利用此法灭菌，我们在第一次灭菌后将物品或培养基放入适宜的环境下进行培养，使芽孢萌发成营养体，然后在１００℃下再进行第二次灭菌，杀死那些由芽孢发育的菌体，连续３次，同样也能达到彻底灭菌的目的。间歇灭菌既可以保护营养成分不被破坏，又可达到完全灭菌的目的。但因手续麻烦，时间长，故一般能用高压蒸汽灭菌的均不采用间歇灭菌。
由于牛奶中的有些营养成分遇到高温后会被破坏，所以，牛奶的消毒温度不易过高。通常采用７５℃加热２０秒到１分钟就可杀死奶中的致病菌。这个办法最早是由巴斯德发明的，所以叫做巴斯德消毒法。啤酒、酱油等一些不耐热的食品，也常采用斯德消毒法。有时，消毒的温度可降到６０℃，消毒的时间则要延各长到３０分钟。
在日常生活中，我们知道，越是新鲜的海鲜、肉类等食品，越易遭受微生物的侵袭而腐败、变坏。所以，我们常把它们放入冰柜或冰箱中冷冻保藏。
采用低温冷藏是保存食品防止变坏的有效方法。冻猪肉中的蛋白质在零下３０℃时保存６个月到１年也不被分解。猪油在常温下很快就会酸败，而在零下２０℃保存１年也不发生变化。低温所以能延长食品贮藏的时间，主要是因为在低温下微生物代谢活动减弱，甚至停止。这样，就减慢或抑制了微生物的生长繁殖的速度，防止了它们的腐败作用。
不同种类的微生物对寒冷的抵抗能力差别很大。脑膜炎双球菌、淋球菌、流行性感冒病菌在接近零度时很容易死亡，所以如果冬天的气候很冷，第二年开春就会减少一些传染病。伤寒杆菌和葡萄球菌置于零下 １８０～１９０℃的低温中，经过 ２０小时，病菌仍然是活的。把结核菌和伤寒杆菌置于１９３℃的液态空气和零下２５０℃的液态氢气中，它们也冻不死。因此，有人称结核杆菌和伤寒杆菌是“冻不死的病菌”。大多数的微生物对低温都有较强的抵抗能力。因此，冷冻尽管可以较长期的保存食品，但是食品的微生物并没有死去，一旦温度升高以后，它们仍然会继续生长繁殖。所以冰箱保藏的食品，食用前一定要重新回锅，否则同样会引起肠道传染病，甚至食物中毒。
微生物在低温下，为了适应寒冷的条件，新陈代谢、生长发育都变得迟缓。
被冷冻的微生物一旦得到适宜的条件，马上就会“东山再起”，迅速地繁殖起来。根据这一特点，在工农业生产及科学研究中，人们常用冷冻的方法来保藏菌种。
干燥抑制法
木材是我们生产、生活中不可缺少的原材料。木材中的纤文素就像人的骨骼一样，使它具有坚韧、结实的特性，常用来铺设铁路、修建房屋、制作家俱等。
然而在自然界中竟有５００多种微生物能“以木为食”，它们会造成木材制品的损坏。食木微生物主要是以木材中的纤文素为食，并使它分解，使坚硬的木材变成了像豆腐渣一样的朽木，失去了使用价值。
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