中药高通量转录组研究进展 第2页
3.3测序投资大，分析人员紧缺
目前，二代测序仪的设备仍然非常昂贵，设备购置的一次性投入巨大，一般的科研单位往往望而却步，使得转录组的研究局限于一些实力雄厚的实验室和生物技术公司。另外，转录组测序获得大量的数据，通常在Gb数量级，需要进行复杂的数据处理。这不仅需要高性能大型计算机等硬件的投入，更需要具备数据分析能力的科研人员，才能够有效的结合生物信息学分析与生物学现象的解释和阐述。
3.4药物靶点多，基因网络复杂
中医强调整体的思想，中药具有多靶点的作用特点[33]。中药中的活性成分往往不止一种，相关的代谢通路多样，相互作用，产生了更为错综复杂的代谢网络，这就给转录组的分析带来了新的挑战。如何层层深入地剖析不同活性成分及其通路之间的协作关系，成为中药转录组研究的一个重要任务。
4中药转录组研究的展望
转录组中“组学”的概念与中医药中“整体”的思想不谋而合。中药的高通量转录组研究自开展以来获得了许多可喜的成果。伴随着测序技术的不断进步，实验流程的不断完善，中药转录组研究必将迅速发展。
通过转录组数据的分析，发掘得到新的功能基因和代谢通路，构建中药的指纹图谱[34]，服务于中药的品种培育。通过对次生代谢途径关键酶基因的研究，为中药转基因工程提供候选基因，或通过转录水平的调节，提高药用成分的产量与活性。通过不同发育时期，不同培育条件下不同转录组的比较，寻找最佳的中药状态，形成一套有据可依的现代评价体系[35]。通过后期mRNA、蛋白质及动物实验水平的验证测序结果，建立起功能基因和活性物质之间的桥梁，中药活性成分与中药药效之间的桥梁。中药转录组的研究为中医药理论提供了现代分子生物学的支撑和验证，推动了西方社会对传统中药的认知。
未来中药转录组的研究将不仅成为中药研究的一项有力武器，还将为中药研究注入新的活力。结合众多新兴组学，例如蛋白质组学和代谢组学的研究[36-38]，实现高通量与高效率的结合，揭示传统中药的现代生物学内涵，服务于中药配伍研究和新型中药的研发。二者的有机结合，是中药实现自我发展的一次契机，是中药自我创新的一次机遇。
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