如前所述，诚如中国上古时期一样，巫医部分现象在印度也是很常见的。印度吠陀时代的医学基本是一种巫医，《阿闼婆吠陀》这部歌集也是巫术，其所记载的许多咒语多是巫医用来驱逐治病的。讲述植物和医药的“生命吠陀”是印度医学理论的源头，根据印度的传说，这些医学知识是由天神传给人类的。[刘建：《印度文明》，北京：中国社会科学出版社，2004年版，第324-325页。]“大梵天”被认为是生命吠陀中医学知识的创造者。实际情况可能是在森林中静修的哲人在患病自治或为他人治疗的过程中产生并积累了最为原始的医学知识，然后不断传承中发展，从而形成的一套医学理论。他们可能是印度远古时代的名医，他们向门徒讲授声明吠陀，后来记载在《阿闼婆吠陀》之中，说人间医学来自天神，这其实是古代医生为了神化自己以提高影响力的常见手段。与印度传统医学密不可分的佛教医学更因其宗教性而添上一种神秘色彩，是以见著于佛教经典中的医学记载，存在大量的医用咒语。咒是通于鬼神的语言，起自远古巫术。佛教将咒禁作为一种医疗手段，广泛地应用于医学中。
在大部分佛教医经的医方中，都或多或少地会含有一定数量的咒语，《根本说一切有部毗奈耶药事》卷二载：“病有二种疗法，一者以呪，二者以药。”此外诸如《佛说咒小儿经》、《除一切疾病陀罗尼经》、《佛说叹时气病经》、《佛说咒齿经》、《佛说咒目经》、《能净一切眼疾陀罗尼经》、《佛说疗痔病经》、《千手千眼观世音菩萨治病合药经》、《嗓缚擎说救疗小儿疾病经》、《于苏悉地揭罗经》、《瑜伽师地论》、《大佛顶广众陀罗尼经》等。有的是单用咒语的佛经，有的是咒药合用的佛教医经。
来华僧医在治疗的过程中也广泛的运用带有神秘色彩咒术。晋耆域曾“取净水一杯，杨柳一枝”，随后举手向病人念咒呪，三次之后，使得“得病经年不差，两脚挛屈，不能起行”的滕永文 “起行步如故” 。又曾以同样的方法向此寺中数十株枯死树念咒，使得树“寻荑发，扶疎荣茂”。还曾用咒法治愈尚方暑中一病症将死之人。[（梁）释慧皎：《高僧传》卷9《晋洛阳耆域》，北京：中华书局1992年版，第364—365页。]南朝宋杯度运用咒法为人治病的事例也不少。如“孔宁子时为黄门侍郎，在廨患痢，遣信请度。度呪竟云：‘难差。见有四鬼，皆被伤截。’宁子泣曰：‘昔孙恩作乱，家为军人所破，二亲及叔，皆被痛酷。’宁子果死。又有齐谐妻胡母氏病，众治不愈，后请僧设斋，斋坐有僧聪道人，劝迎杯度。度既至，一呪病者即愈”[（梁）释慧皎：《高僧传》卷10《宋京师杯度》，北京：中华书局1992年版，第383页。]。这些具有神秘色彩的医术，与巫术有着紧密联系
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