在双边贸易总额逐渐扩大的同时，双方在贸易中的地位也在发生变化。最初，中国虽然在与个别成员国呈现逆差，但是在与东盟的贸易一直保持总体上的顺差地位。从1993年开始，中国对东盟的贸易一直呈现逆差，而随着近年来双方共同在经贸合作方面做出了很大的努力，特别是提出了关于建立中国-东盟自由贸易区的构想，促使双边贸易在总量增大的同时，中国对东盟的贸易逆差额也越来越大，并且还有继续增大的趋势。
2  中国对东盟贸易逆差现状
2.1中国对东盟贸易逆差规模
根据海关统计数据显示，2011年东盟已经成为中国第三大贸易伙伴，东盟是中国第三大出口市场也是第三大进口来源地。中国最大的贸易伙伴是欧盟，2011年中国对欧盟出口额是3560亿美元，进口额是2112亿美元，而对东盟进口额是1928亿美元，与第一名的欧盟相差并不大，而中国对东盟的出口额是1701亿美元，不到欧盟的一半。所以中国对第一大贸易伙伴欧盟保持了1400多亿美元的巨额顺差的同时，又对第三大贸易伙伴东盟有220多亿美元的逆差。
图一：1993-2011年中国与东盟的贸易逆差额
 
资料来源：原始资料来自中国海关统计
中国与东盟从1991开始正式对话，而1993 年中国开始对其保持逆差，以逆差金额可以分为五个阶段。第一阶段是1993-1997年，此阶段逆差金额较小且相对稳定。第二阶段为1997-2001年，此阶段增长较快，平均增速达100%。第三阶段为2001-2004年，三年从48.44到200多亿美元，金额翻了两番。
表一：2003-2011年中国与东盟双边贸易额                               单位:万美元
年份总额    2003    2004    2005    2006    2007    2008    2009    2010    2011
出口    3092688    4289939    5536721    7131116    9414679    11431677    10625686    13815981    17008301
进口    4732770    6296740    7499418    8952656    10838583    11700291    10674897    15470072    19277081
进出口    7825459    10586679    13036139    16083772    20253261    23131969    21300582    29286054    36285382
差额    -1640082    -2006801    -1962697    -1821540    -1423904    -268614    -49211    -1654091    -2268780
资料来源：原始资料2003-2010来自中国统计局，中国统计年鉴，2011年来自海关统计
04- 09 年为第四阶段，可以看到中国对东盟的进口额每年增加近1000亿美元，只是出口额增长更快，故差额绝对值减少；08、09年进出口额趋近，差额剧减。第五阶段从09年开始， 10年中国对东盟进口增速45%，逆差额从4.9亿美元暴增到165.4亿美元，增长率3275%。11年中国对东盟的出口和进口增长率分别为23.1%、24.6%，逆差额增速137.2%。
   2.2中国对东盟贸易逆差分布
表二：2003-2010年中国与东盟各国分国别贸易差额（单位：万美元） 中国对东盟贸易逆差问题研究+文献综述(2):http://www.751com.cn/jingji/lunwen_10173.html