虽然目前针对港口物流有许多法律，如在2004年开始实施的《中华人民共和国港口法》，为上海港口物流业建设发展提供了法律依据，但由于此类法律同港口物流业发展一样时间尚短，且在先前规划制定阶段可能存在考虑不周，一些问题也由此产生，先大致归结如下：
首先，由于法律体系的不成熟，对于一些港口物流专有名词在法律上的界定较模糊，加大了执法难度。如物流文本合同的，合同是作为双方当事人根据合同条款在协商沟通达成一致的条件下共同签订的具有法律效率的文本，双方具有履约责任。但目前，就物流文本合同在履约规则、范围、职责等方面仍无统一标准，存在货主和港口物流企业间签订的物流文本合同各不相同的现象，规范化执行法制管理较困难。
其次，对于一些特殊权利（如指泊权）在相关港口物流法律中无法完全列入其中，存在法律漏洞。指泊权涉及到的有港口岸线资源的利用，而众所周知，上海口岸资源同别的在口岸资源一样都属于稀缺性资源，应由以上海港口管理局为代表的上海行政管理职能部门依据专有法律认证贯彻执行相关法规，以起到保护该稀缺资源作用。但遗憾的是，现阶段相关法律法规仍为空白，有待完善以保证该类稀缺资源能合理有效利用，同时相关不合理特殊权利能依法得到制止使用。
再次，关于上海港港口物流市场准入相关限制法律规定上，未有明确细则可供参考。此部分涉及到很多方面，包括：上海港口物流市场人才的法律认证体系及机构、上海港口物流企业资质认证法律程序及上海港口物流市场准入法律体系制度规定等，都有必要在综合权衡考虑后不断进行完善补充，以保证能适应不断变化的上海港口物流要求，使上海港成为具有竞争力大港，同时上海港口物流市场及行业能有序发展。
最后，上海港口物流相关法律法规体系由于其市场参与者的特殊性，现有法律法规见存在矛盾，暂时无法统一成为完整配套法律体系。在前文中有所提及，上海港口物流企业多为国有控股或国家垄断企业，加上上海市政府在港口物流行政管理上由各部门各自为政，缺少横向合并，法律最终执行者悬而未决，难以编写入法律体系内；此外，对于港口物流供应链各环节，虽然都配有独立成文法律法规，但因其独立性，可能存在相互矛盾部分有待统一，故一套完善且相互兼容的上海港口物流法律体系的提出和配备势在必行。
4、 港口物流专业化人力资源稀缺
虽然科学技术对一国经济发展的重要性已在世界范围内被普遍认可并加大了对它的探索发展，但追根溯源，这些科学技术的发明创造来源都是那些拥有相关专业知识技能的人才。是否能满足对专业化人力资源的大量需求，已成为一国是否能在世界舞台上有因国际地位高而带来的强大影响力的关键。上海港作为面向世界能代表中国经济形象的全球运输枢纽，为适应世界区域经济一体化格局，在港口物流专业化人力资源配备方面存在些许问题，面临巨大压力。
首先，由经济危机引发的全球失业率大幅度上升波及到上海，财政紧缩使各行各业为节约成本开始裁员，事业可能引发的社会稳定问题及经济发展放缓问题同样会对上海港口物流业发展带来冲击，上海港口物流人力资源体制棉铃在改革升级的同时需迎合对高素质专业化人才大量需求的双重挑战。
再者，应现代港口物流对上海港口物流从业人员的要求，具有专业知识技能且有集企业管理、港口管理、外语、计算机等相关水平的高层次复合型人才已然成为上海港口企业及职能部门招聘港务人员时的最佳标准。但以目前形势来看，符合这些标准的港口物流专业化人力资源稀缺严重，无法做到全面符合上述标准的人才占大多数。拥有专业化港口物流的人才一般都在经培训后或具有工作经验后具有专业化技能及管理知识，思想境界及预见性高，且对新鲜知识接受能力强，综合素质高，能为上海港口物流带来高附加值产品及高经济效益，能从根本上改进传统港口物流业的陈旧管理模式及向灌输入现代港口物流理念靠近，增加以科学技术为支撑的高质量高效港口物流综合竞争力。但由于对上海港口物流企业或职能部门相关理念及市场发展前景的不看好，抑或是对相关单位员工激励机制热情度的降低，许多符合标准的上海港口物流专业化人才都选择进入跨国港口物流公司或海外港口物流企业发展，造成上海港口物流专业化人力资源流失严重，强大需求和稀少供给造成严重不平衡。 上海港口物流的问题与对策研究(9):http://www.751com.cn/jingji/lunwen_3347.html