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葡萄Rs基因的克隆序列分析及时空表达特征鉴定(4)

时间:2018-09-09 21:11来源:毕业论文
1.2.3 基因的生物信息学分析 (1)美国生物技术信息中心NCBI:http://www ncbi nlm nih gov/ (2)开放框阅读分析:https://www ncbi nlm nih gov/orffinder/ (3)Motif分析


1.2.3  基因的生物信息学分析
(1)美国生物技术信息中心NCBI:http://www ncbi nlm nih gov/
(2)开放框阅读分析:https://www ncbi nlm nih gov/orffinder/
(3)Motif分析:http://bioinformatics psb ugent be/webtools/plantcare/html/
(4)BLASTP检索:https://blast ncbi nlm nih gov/Blast cgi
(5)蛋白结构域分析:http://www ncbi nlm nih gov/Structure/cdd/cdd shtml
(6)氨基酸理化性质分析:http://web expasy org/protparam/
(7)二级结构预测:https://npsa-prabi ibcp fr/cgi-bin/npsa_automat pl?page=npsa_sopma html
1.2.4  基因表达特异性分析
    采用qRT-PCR技术、用试剂盒以及iQTM5 Software和iQTM5 Real-time PCR System分析不同发育阶段葡萄果皮和果肉中目的基因的表达特性。根据克隆获得的目的基因序列设计引物,上游引物序列为:5’-ACTTGAAGCAACAAGGCACG-3’ ;下游引物序列为:5’-TGGTGGCTTTTTCCCCCTTT-3’,以葡萄的actin基因为内参基因,上游引物序列为:5’-TACAATTCCATCATGAAGTGTGATG-3’ ;下游引物序列为:5’-TTAGAAGCACTTCCTGTGAACAATG-3’。扩增体系总体积为20 0µl,其中cDNA模板1 0µl、上、下游引物各0 4µl、2*supermix 10 0µl、双蒸水8 2µl。扩增程序为:94℃预变性30s;94℃变性5s、55℃退火15s,共40个循环;72℃保温10s。绘制熔解曲线,并根据 计算基因的相对表达量,其中, = - [10]。
1.2.5  葡萄皮愈伤组织的诱导与培养
将带柄的葡萄果实流水冲洗2-6小时,在超净工作台内先用无菌水冲洗一遍,再用70%酒精摇洗30s后用无菌水冲洗一遍,随后0 1% HgCl2消毒8分钟,最后无菌水冲洗3-5遍。将灭菌消毒后的葡萄去掉果肉,将果皮切成1 5-2 5cm的小片,接种于B5培养基中,25士1℃条件下暗培养。
继代时选择上部疏松、长势良好的愈伤组织转接到继代培养基中,每瓶转接材料3至4块,均匀放置于培养基表面。25士1℃条件下暗培养。每28d继代一次。
1.2.6  细菌转化方法
T连接反应:取0 2ml离心管,加入目的片段4 5µl、pMD19-TVector0 5µl、Solution I 5 0µl,混合均匀于16℃连接6h。连接完成后转化大肠杆菌。
大肠杆菌转化和提取:
(1)将连接产物离心后于冰上吸5 0µl加入慢慢融化后的33 0 ul DH5α感受态细胞中,轻轻混匀,立即冰上30min。
(2)将管置于42℃水浴热激90s,立即冰上2min。
(3)加入800µl无抗生素的LB液体培养基,混匀,37℃摇床震荡1h(不需要出现浑浊的现象)。8000rmp离心5min。
(4)去700µl上清液,留100µl菌液吸打均匀,涂布于100mg/L Amp(母液100mg/ml,待固体培养基温热,加入Amp的母液)的LB固体培养基上,37℃、过夜培养,观察菌落生长情况。
(5)将过夜培养后,平板长出的单菌落挑取12个,转入含有100mg/L Amp的LB液体培养基中(或者吸出1000ul的LB液体培养基,加入1ul的Amp母液),150rpm振荡培养,直至出现浑浊。取1 0-2 0ul菌液进行PCR鉴定,并取400µl送上海生工(Sangon)测序。确定PCR和测序结果没有问题后用试剂盒提取质粒,电泳检测质粒,以确定质粒大小及浓度。
对目的基因和载体分别进行双酶切,电泳检测并回收目的片段。
构建表达载体连接反应:载体大片段1 0μl、目的片段7 0μl、T4Buffer 1 0μl、T4连接酶1 0μl,Total 10 0μl。混匀,16℃过夜。
表达载体转化反应:与T连接反应相近,即转化大肠杆菌(感受态DH5ɑ)。
重组质粒PCR鉴定:提取转化后的菌落质粒,PCR法鉴定阳性克隆。1%琼脂糖凝胶电泳检测。并测序。
重组质粒的酶切鉴定:提取转化后的菌落质粒,用限制性酶进行双酶切。1%琼脂糖凝胶电泳检测酶切片段大小是否正确。 葡萄Rs基因的克隆序列分析及时空表达特征鉴定(4):http://www.751com.cn/shengwu/lunwen_22765.html
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