荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization, FISH)技术的原理是将直接与荧光素结合的寡聚核苷酸探针（已知的或特殊功能性基因组序列）或间接用生物素、地高辛等标记的寡聚核苷酸探针与待测的组织细胞变性后的染色体、细胞或组织中的核酸按照碱基互补配对原则进行精确的特异性结合，形成杂交分子，直接或通过免疫荧光系统间接检测，最后在荧光显微镜下显影，即可对待测DNA进行定性、定量或相对定位分析，显示DNA序列相关位置和顺序。该技术是一种精确、高效且稳定的在染色体上定位DNA序列的工具，它可以将功能基因、重复序列等目标DNA片段直接定位在染色体上。FISH技术现已成为研究基因组结构、表达和基因组间关系的重要技术，并在染色体上进一步构建物理图谱，染色体精细结构分析等领域发挥着重要的作用，提供有关DNA或RNA探针序列在分子水平上检测染色体或在细胞内的分布区域、次序及拷贝数等信息数据。该技术已在研究植物分子细胞遗传进化学、基因的变化、基因核型作图及植物进化和亲缘关系的探究上已广泛应用。
核糖体DNA (ribosomal DNAs, rDNA)是有重要功能并高度重复的序列基因，成簇分布于细胞内一对或多对染色体上。目前，rDNA已在重要的大型和中型染色体的模式作物和经济作物中进行了广泛的荧光物理核型定位，为这些物种的染色体形态结构的辨认，基因组片段的精密解析，细胞遗传学图谱的构建，以及近缘和远缘物种不同程度的进化关系的研究提供了直接、有效的信息。
    BAC克隆探针[5]与荧光原位杂交技术[3.10]的结合能够将目的基因组DNA片段杂交在物种染色体上，确定带有标记物的探针在染色体上的物理定位，形成稳定有效的可识别辨认的染色体标记，从而探究番茄近缘种之间的遗传学进化问题。本试验中，我们首次将45S和5SrDNA[9]在番茄属的中期染色体上进行了荧光定位，进一步建立了带有45S和5SrDNA标记的BAC-FISH[3]核型物理遗传图谱，进行物理定位的核型[19]排布、染色体大小比较分析，比较rDNA基因在番茄属（野生番茄与栽培番茄、栽培番茄与栽培番茄）基因组中的分布及属间差异，为番茄的染色体识别提供了有效及明确的识别标记，也为研究茄科物种分化过程中染色体的形态变化、基因片段的进化趋势积累了分子细胞遗传学的资料。 番茄近缘种核型比较分析(2):http://www.751com.cn/shengwu/lunwen_38754.html