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奶牛肠道真菌群落组成研究(4)

时间:2020-06-12 22:05来源:毕业论文
体积 模板 2L dNTPs 1L 10Taq酶缓冲液 2.5L TaqDNA聚合酶 0.4L 上游引物 1L 下游引物 1L 无菌三蒸水 17.1L 采用2%琼脂糖凝胶对扩增后的全部产物进行电泳检测,将胶上

体积

模板 2μL

dNTPs 1μL

10×Taq酶缓冲液 2.5μL

TaqDNA聚合酶 0.4μL

上游引物 1μL

下游引物 1μL

无菌三蒸水 17.1μL

采用2%琼脂糖凝胶对扩增后的全部产物进行电泳检测,将胶上荧光条带小心切下放入干净离心管中并称重,按照相应比例向管内加入溶胶液,待其完全溶解后利用AxyPrepDNA凝胶回收试剂盒进行回收。

样本测序部分由上海凌恩生物完成,最后得到测序数据。 

1.2.3序列优化与物种组成分析

     根据overlap关系对经高通量测序得到的PE reads进行拼接,再使用软件Trimmomatic和FLASH对序列质量和拼接效果进行质控和过滤,得到最终优化序列并将其与Unite的真菌数据库进行比对,以ITS基因序列相似度97%为依据划分为不同的分类单元(OTU)。使用mothur软件进行OTU聚类分析并构建稀疏曲线,根据数据库中的参考序列对OTU进行种属鉴定和分类学分析。

奶牛肠道真菌群落组成研究(4):http://www.751com.cn/shengwu/lunwen_54096.html
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