随着基因组学和生物信息学进一步的发展, 很多高等植物的全基因组测序工作都已经完成了,如玉米、杨树、拟南芥等等。本研究是对Dof转录因子超家族在水稻中的全基因组分析从而可以进一步帮助了我们认识水稻中Dof转录因子超家族组的生物学功能本研究是对Dof转录因子超家族在水稻中的全基因组分析从而可以进一步帮助了我们认识水稻中Dof转录因子超家族组的生物学功能。

2  材料与方法：源'自:751:"论-文'网www.751com.cn

2.1  植物Dof超家族转录因子的鉴定

    为了对植物Dof超家族转录因子进行功能分析，相关物种的Dof转录因子超家族序列(http://planttfdb.cbi.edu.cn/) [13]是我们通过TFDB数据库中下载。如拟南芥（Arabidopsis）基因组序列(http://brassicadb.org/ brad/index.php)；水稻（Oryza sativa）基因组序列 (http://rice.plantbiology.msu.edu/, release 5.0)；短柄草（Brochypodium distachyon）基因组序列(http://www.brachypodium.org/)；高粱（Sorghum bicolor）基因组序列 (http://www.plantgdb.org/SbGDB/)。在得到相关物种的Dof基因家族序列之后，我们的首要工作便是对于这些Dof超家族基因进行结构域鉴定。首先，这些蛋白的结构域都通过Pfam程序(http://pfam.sanger. ac.uk/) [14]进行分析，若存在Dof结构域，则认为该候选蛋白属于Dof蛋白家族，若未能检测出Dof结构域，则认为其不属于该家族。随后，作为最终的序列质量刷选标准，我们将这些Dof超家族转录因子的保守结构域采用SMART 数据库进行进一步的分析(http://smart.embl-heidelberg.de/)[15]。此外，针对水稻Dof基因家族，我们从RGAP中下载每一条记录的基因序列、蛋白质序列、CDS序列，获得每一条记录的外显子数、蛋白质氨基酸数，并且从KOME（http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/）网站中获取其mRNA获取号，从ExPASy数据库（http://www.expasy.org/）中获取其蛋白质等电点。

2.2  蛋白序列的比对和水稻DOF蛋白系统发生的进化树构建

    水稻Dof全长蛋白的多序列比对通过Clustal X程序进行分析[39]。Dof蛋白家族特定保守区域氨基酸的保守性我们通过WebLogo程序进行分析[16]；系统发生树的构建和分析主要通过Mega5软件进行(http://www.megasoftware.net/) [17]。我们是运用邻接法（Neighbor-Joining Method，NJ）来进行所挑选Dof蛋白的保守区域的进化树的构建，设置Bootstrap为1000次重复。

2.3  Dof保守结构域的鉴定和分析

我们采用了在线程序MeMe(Multiple EM for Motif Elicitation) (http://meme.nbcr.net/meme/cgi-bin/meme.cgi) [18]进行水稻的Dof超家族的结构域分析。在线程序MeMe的参数设置为：(1) 基序重复的数量为“any”; (2) 基序的长度为6~200; (3) 预测基序的数量为30。