1.5 WRKY转录因子的功能

 WRKY转录基因是植物独有的调控基因，对于目前来说，很多实验也只限于玉米，拟南芥和烟草等模式物种，它的功能研究也大多集中在抗病反应上。在已经有的数据库里面，发现了来自于很多植物的大于500个含有WRKY结构域的EST[16]，SA或者病原菌对里面很多成员没有诱导作用。然而，随着越来越多的的高端技术的发明，专家发现，WRKY因子有生理和生化功能，能够调节植物的生长、发育和应对刺激。WRKY转录因子，尽管有少许一样的特点布局, 可因为其结构、顺式元件在序列及别的辅助功能成分的差异, 致使其成员在方向基因的生物活性和功能非常不同, 使家族广泛生活于各种组织, 参与许多代谢过程控制。现在的研究表明,WRKY基因在植物中不是一个类型的表达式, 而是由各种环境因素(如真菌诱导子,病原体)及其功能相似物、干燥、损伤、低温等各种非生物威胁和生物威胁, 它的表达具有组织特异性。源[自-751*`论/文'网·www.751com.cn/

由于生物信息学发展，如拟南芥基因序列、短柄草、高粱和水稻模型的测定以实现，所以本文使用了以上的方法收集和鉴定了以上作物的WRKY基因序列，并且对它的同源基因进行了分析，探究其中的进化规律。本文以玉米WRKY转录因子家族为切入点，综合其他的模式作物的家族基因，使用发布的玉米等基因组草图数据，对玉米全基因组WRKY转录因子基因家族挑选，分析了WRKY转录因子的家族结构特征、进化情况、染色体的分布、在玉米自身以及在其他作物之间染色体的复制情况，讨论WRKY转录因子的数量并进行分类，并对体系发生学进行剖析和对比。该研究全面了解WRKY基因家族的信息和特点，对植物WRKY基因的克隆、功能鉴定具有重要意义。

2  材料与方法

2.1  植物WRKY超家族转录因子的鉴定

  为了分析WRKY家族转录因子的功效，我们从植物TFDB数据库中下载了相关物种的WRKY转录因子超家族序列[17]。这些基因组序列分别来自拟南芥基因组序列、玉米基因组序列、水稻基因组序列和高粱基因组序列。在得到相关物种的WRKY基因家族序列之后，最重要的就是是对WRKY基因进行鉴定。一开始，这些蛋白的结构域都通过Pfam程序 [18-19]进行分析，如果有一个WRKY结构域，候选蛋白属于WRKY蛋白家族，而不能检测出WRKY结构域，就不属于家族。其次，作为最终的序列质量刷选标准，我们把这些WRKY的保守区域用SMART软件进行分析[20]。此外，针对玉米WRKY基因，我们从玉米RGAP下载与其相关的数据，利用软件进行分析。