诸大臣与宦官的在后来的争斗中，刘谨等人反败为胜，刘健、谢迁无奈被迫辞职，“南京给事中戴铣等、御史薄彦徽、蒋钦等疏留刘健诸臣。劾太监高凤从子得林冒升锦衣卫指挥佥事，兼言晏朝废学游宴驱驰射猎非体。忤旨。尽逮铣等三十人入京”[ ]，顾命大臣几乎被洗荡一空，只有李东阳还坚持在朝堂之上。新兴宦官势力取得胜利后，“帝悉以天下章奏付刘瑾”[ ]。以刘谨为首的宦官集团获得了极大的权力，开始独断专行，滥用权力打压报复异己势力，从此朝政混乱，不复弘治中兴的景象了。

由于武宗时期宠幸宦官、边将、酷吏、伶官、僧人等，这些人对武宗极尽阿谀之事，谄媚求宠，逐渐引诱武宗堕落，使得君臣矛盾日益突出。由于武宗违背礼法的行为，嬉戏和荒于政事，社会出现了的巨大的动荡，农民起义不断，藩王谋反。