(7)向每个超滤管中加入150 μL的TEAB1,4℃,12000g,40min。
(8)取出超滤管,弃掉收集管底部溶液,重复步骤7两次。
(9)取出超滤管,弃掉收集管底部溶液,加入400 μL 色谱纯水,使用移液器反复冲洗超滤管,弃掉洗液。
(10)向每管中加入100 μL配制好的酶解液,37℃水浴过夜或14h~16h。
1. 2. 5 iTRAQ标记反应
(1)取出冻干的样品,向其中加入100 μL TEAB2使其浓度为1 μg/μL,并充分涡旋混匀,取40 μg肽段样品于1.5mL离心管中用于标记反应,其余样品备用。
(2)iTRAQ试剂的准备:从冰箱中取出iTRAQ试剂,平衡到室温,将iTRAQ试剂离心至管底。
(3)确保样品的pH 呈碱性一般为8左右,加入有机溶剂溶解iTRAQ试剂,加入的体积可以根据样品体积进行调整,保证有机溶剂终浓度为70%以上。
(4)向每管中加入200 μL异丙醇,充分涡旋混匀,离心,重复1次。
(5)取混匀离心后的iTRAQ试剂105 μL加入到含40 μL 蛋白样品的离心管中,涡旋混匀,离心,于室温下放置2 h。
(6)反应结束后向每管中加入200 μL色谱纯水。
(7)混合标记后的样品,涡旋振荡充分混匀,离心至管底。
(8)从管中抽取适量体积的样品至一个新的离心管中,冻干后以备预实验,检测标记效率及定量准确性,确认标记反应良好。
(9)使用真空冷冻干燥机抽干样品,待上机分析。
1. 3 全蛋白的质谱鉴定及差异分析
将分离得到的多肽组分送入LC-MS/MS质谱仪进行分析。质谱采集参数:正离子反射模式,一级质谱分子量范围为700-4000 Da,二级质谱分子量范围为40-1050 Da。MASCOT软件搜库参数设置如下:Enzyme:Trypsin;最大允许错切位点:1;Fixed modifications:carbamidomethylation;Variable modifications:oxidized;一级质谱容差:150ppm;二级质谱容差:0.5 Da;P值≤0.05。最终以MASCOT软件评估为阳性结果的蛋白视为蛋白鉴定成功。差异表达蛋白确定根据两次重复均大于1.5倍或小于0.67倍为标准,同时P值小于0.05水平。 氯化钾提高玉米茎腐病的蛋白质组学分析(4):http://www.751com.cn/shengwu/lunwen_20309.html