2。2 蛋白序列的比对和水稻HSF蛋白系统发生的进化树构建

    水稻HSF全长蛋白的多序列比对通过ClustalW程序进行分析。HSF蛋白家族特定保守区域氨基酸的保守性我们通过WebLogo程序进行分析[9]；系统发生树的构建和分析主要通过Mega5软件进行(http://www。megasoftware。net/)[10]。我们主要挑选HSF蛋白的保守区域进行进化树的构建，我们采用邻接法（Neighbor-Joining Method，NJ）来进行进化树的构建，设置Bootstrap为1000次重复。源`自,751`.论"文|网[www.751com.cn

2。3 HSF保守结构域的鉴定和分析

    我们采用MeMe程序(Multiple EM for Motif Elicitation) (http://meme。nbcr。net/meme/cgi-bin/meme。cgi)[11]对水稻HSF转录因子超家族进行结构域的分析。在线程序MeMe的参数设置为：(1) 基序重复的数量为“any”; (2) 基序的长度为6~200; (3) 预测基序的数量为30。

2。4 HSF转录因子家族在水稻，短柄草，高粱中的同源性分析。

    水稻HSF基因在染色体上的复制分析主要通过植物基因组复制数据库进行分析（PGDD） (http://chibba。agtec。uga。edu/duplication/)[12]。 HSF家族在水稻染色体上的复制情况我们通过MapInspect (http://www。dpw。wau。nl/pv/pub/MapComp/)软件进行构建。 

2。5 水稻HSF转录因子家族的组织表达分析以及根茎组织对于不同激素的响应

    我们基于水稻基因芯片数据（http://ricexpro。dna。affrc。go。jp/data-set。html）来分析水稻HSF基因的表达情况。这些组织部位包括叶片和叶鞘、根、茎、穗、花药、雌蕊、外稃、内稃、胚珠、胚和胚乳。最后我们对这些HSF蛋白在不同组织中的表达水平通过Cluster程序 (http://bonsai。hgc。jp/~mdehoon/ software/cluster/software。htm) 进行层次聚类分析，其结果通过TreeView(http://jtreeview。sourceforge。 net/)软件对数据结果进行可视化显示[13] ；此外，我们从水稻基因芯片数据获得了水稻根茎组织对于(Abscisic acid (ABA), Gibberellin, Auxin, Brassinosteroid, Cytokinin和Jasmonic acid (JA)六种不同激素的表达数据，并将这些数据通过Cluster程序进行层次聚类分析，其结果通过TreeView软件对数据结果进行可视化显示