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利用GENBANK数据库开发黄鳝SSR标记(3)

时间:2021-06-15 21:07来源:毕业论文
2.4黄鳝引物的命名和记录 先建立Excle2表格,引物命名,将黄鳝第一对微卫星引物可命名为:HS-1F,HS-1R (根据拼音),将黄鳝第二对微卫星引物可命名为:

2.4黄鳝引物的命名和记录

    先建立“Excle2”表格,引物命名,将黄鳝第一对微卫星引物可命名为:HS-1F,HS-1R (根据拼音),将黄鳝第二对微卫星引物可命名为:HS-2F,HS-2R,往下依次增加。其中F代表上游引物,R代表下游引物。对应的GenBank号 :将word 1、word 2、word 3、word 4、word 5、word 6、word 7、word 8文件中的每一个DNA序列复制粘贴,在主word文件中查找替换,检测每一条DNA序列在主word文件中处于什么位置,然后在与“Excle 1”文件中内容作对比,以此来查找出对应的GenBank号[17]。来!自~751论-文|网www.751com.cn

3.结果

3.1微卫星序列搜索

    我们从GenBank数据库中搜索到770条黄鳝核酸序列,利用计算机和人工处理,最后得到134条含有微卫星重复单元的序列,占了整个GenBank数据库中黄鳝核酸序列总数的17%。在所发现的黄鳝微卫星序列中,双碱基共有53对,其中,AC28对、GT19对、CT2对、AG3对、AT1对。双碱基重复类型 AC、GT、AG、CT、AT、含量依次减小,其占微卫星双碱基重复类型总数的百分比分别为 22.6 %、15.3%、2.4 %、1.6 % 、0.8%(图1);三碱基重复类型共有13对,其中CAG3对、CAA3对、TGC2对、TCC1对、AGG1对、CTT1对、ACC1对、AGC1对。三碱基重复类型中,CAG、CAA、TGC、TCC、AGG、CTT、ACC、AGC含量依次减小,其占三碱基微卫星类型总数的百分比分别 为 20%、20%、13.3 %、6.7%、6.7%、6.7%、6.7%、6.7%(图2);四碱基重复类型中只有一种重复序列ATCA,各占四碱基微卫星类型总数的8.3%;未发现其它重复类型如五碱基、六碱基重复序列[18]。

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