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3．不合理的出口结构降低了出口退税的效益
出口结构的不合理主要表现在三个方面，首先是各类型的企业在出口总额中所占比例不均衡。在我国出口总额中，企业占58％，而国有企业只占22％，由此看来，我国出口的主体是外资企业，大多数退税资金流入了外国企业，而这样的不平衡的现象容易激化国内贸易与国际贸易的矛盾。二是贸易方法不恰当。据数据统计，2014年的出口贸易中，加工贸易所占份额达到47．2％，普通贸易是42．6％。尽管加工贸易可以被认为是首要的贸易方式，但加工贸易一般仅是初级加工，不仅增加我国提供资源和能源的压力，还使我国长时间位于国际分工链条的末端。第三是出口产品总体技术水平低下，按照国际贸易标准分类，我国工业制成品中60%以上的都是劳动密集型产品。长时间以来，我国以出口劳动密集型和自然资源密集型的初级产品为主，而这些产品的技术要求不高，并且附加价值不高的产品在出口产品总额中的所占比重较大。我国虽然能够依靠这种结构获得一些利益，但那也只是短期的，从长远角度而言，它难以强化我国低水平的产业结构，不便于产业结构的更新升级。而且，初级产品的生产商也逐渐陷入收益递减的窘境，有的企业甚至只能靠出口退税额来文持企业的生存发展。尽管这样低等级的出口产品结构能为社会提供更多的就业机会，但对财政收入做出的贡献是微薄的。
4．企业因国家退税得到的过高补贴导致企业参与国际竞争的不公平性
我国从1985年开始实施的政策促进了出口。出口企业也因为这个政策获得的退税补贴让自己的成本降低，从而有了价格优势，扩大了出口。但是最近几年，由于国家给某些企业的退税补贴过高，使得有些企业过分长期依靠国家的退税款文持生存，不注重自身的产品质量，盲目出口，竞相压价。这样争夺市场的情况时常发生，导致一部分相当有实力的大型国有企业缺乏业务量，还没有及时获得退税补贴，从而削弱了自身在国际市场的竞争能力。
（三）历年出口退税制度调整的内容
出口退税制度是一种用于刺激国内出口业务发展的制度，是国家将出口产品从生产到出口期间所需缴纳的全部费用归还给企业的一种政策。我国从1985年开始实行该项制度，并在1988年确定了“征退一致，不征不退，完全退税”的标准。从1994年起，国家开始调整出口退税制度。以下是其中的主要内容：
1．1995年到1996年期间第一次调整了出口退税制度，把原先对出口产品实施的零税率调整3%、6%和9%，缓解了中央财政的压力。
2．1998年将个别出口退税率抬高到5%、13%、15%、17%。接下来持续三年的大幅度、违反常规的快速增长导致国家财政支付能力不够，拖欠退税款。
3. 2004年出口退税制度的调整
跟随经济全球化的趋势，按照国际资源配置情况调整了国内产业结构，目的是提高国内资源利用率，促使企业出口含有高附加值的资本技术密集型产品。
2003年10月13日，国家发表了改革出口退税制度的决议，改革的基本原则是：“新债不欠，老债要还，共同承担，完善体系，加快改革，推动发展。”改革的主要内容是：优化产业结构，根据“温和、安全、有效”的基本原则，有差异的合理的调整其相应的退税率。为了促进含有较高技术水平的商品的出口，而对于日常的出口产品，国家会按照其分类合理降低退税率，将其出口退税率调整为17％、13％、11％、8％、5％这五档，于2004年1月1日起执行。这样出口退税率的平均标准降低了3%左右。