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2.3 ZJ173和2-1-1的SNP、InDel和SV差异比较
将测得的ZJ173和2-1-1基因序列与Xoo标准菌株KACC、MAFF基因组进行比对，找到各自对应的亲缘关系最近的标准菌株，选取该标准菌株以便进行下一步对比分析与注释。通过分析可以分别得到ZJ173和2-1-1的SNP、InDel和SV，去除ZJ173和2-1-1相同的差异，不同的差异为ZJ173和2-1-1的可能的差异位点，之后再对差异位点进行分析。
2.4差异位点归类和验证
利用KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）代谢途径分析含差异位点的基因，并将它们归属于不同的代谢通路上，之后利用PCR技术扩增含差异位点的基因，通过测序比对ZJ173和2-1-1的差异位点。而后筛选出含点突变的Xoo 3738基因做进一步研究。
2.4.1 Xoo 3738基因的获取
2.4.1.1引物设计与合成
本实验使用Primer Premier软件，设计Xoo 3738基因的上游和下游片段的引物，见表1，由金斯瑞生物科技公司进行合成。