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2.3 OTU 聚类 6
2.3.1 OTU 丰度统计 6
2.4 物种分类与丰度分析 7
2.4.1 群落结构分析 7
2.5 微生物多样性分析 12
2.5.1 Alpha多样性分析 12
3 讨论 13
致谢 14
参考文献 14
引言
不论是人类还是动物，肠道菌群是重要的微生物器官，营养、代谢、免疫等多种生理功能都与肠道微生物紧密相关[1]。寄生于宿主肠道的结构复杂的菌类对宿主健康而言是一个非常重要的角色[2]。大量的研究显示他们有许多至关重要的贡献：养分吸收，饲料消化和免疫系统[3 - 7]。肠道微生物群的全面分析将使我们更好地了解微生物的相互作用和生物多样性，这对改善肠道健康很重要。
先前已经使用各种方法研究鸡肠道微生物群。最早的报道使用依赖培养法[10-11]，因为基于未知的增长需求大多数细菌不能培养[ 3、4、10 - 12]，所以该方法可能有偏差和不准确。先前的报道还强调，只有60%的盲肠道微生物群是可培养的[8、9]。在2000年代早期引进了更多的先进技术，其中分子指纹图谱方法如变性梯度凝胶电泳(DGGE) [13、14]、时间温度梯度凝胶电泳(TTGE)[10] 和限制性末端片段长度多态性(T-RFLP)[3,4]被使用。Lu等人 [17]利用Sanger测序技术研究鸡肠道微生物群的繁殖。尽管这些技术比依赖培养法更加健全，但他们仍不能准确表现肠道微生物群的特点。此外，这些技术是费时的、昂贵的，不足以反映不同肠道微生物群真正的多样性[12,16]。近年来，分子技术正在迈向高通量下一代测序(HT-NGS)技术，而HT-NGS提供大规模的前所未有的深度和覆盖面的分析。利用这种能够全面的而复杂的分析样品的技术使组学的研究成为可能[17]。因此，本研究以北京鸭为研究对象，针对16S rRNA基因，我们使用HT-NGS来研究商品代肉鸭的盲肠内多种多样的微生物群的繁殖。在这项研究中，使用HT Illumina NGS来放大和用Illumina MiSeq PE300测序16S rRNA基因V3、V4区样本。本研究的发现提供了鸭肠道微生物群组成的基础知识，这有益于家禽的一般健康。