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SNP分子标记属于第三代分子标记，该分子标记基于单核苷酸多态性（(single nucleotide polymorphism , SNP)即DNA序列中因单个碱基的变异而引起的遗传多态性。SNP分子标记是一种具有极高密度的分子标记。但SNP标记作为分子标记一般不直接进行应用，而是先将其转变为CAPS分子标记[16]即以SNP位点的相邻的碱基为基准向外延伸一定长度进行引物设计，然后用限制性内切酶酶切PCR产物，将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳，检测产物是否存在多态性。当然，这只是在SNP刚好为某一限制性内切酶位点情况下。然而SNP位点刚好为某一限制性内切酶位点的几率很小，通常为了解决这一问题，会在该位点的前后添加错配碱，使得该位点变成能够被限制性内切酶识别的酶切位点，随之SNP标记会转变为dCAPS标记(即衍生的扩增片段酶切长度多态性标记)[17，18]。然后用限制性内切酶酶切PCR产物，将酶切后的产物进行琼脂糖凝胶电泳，检测产物是否存在多态性。SNP标记和dCAPS标记为是本实验中使用的主要分子标记。CAPS标记具有共显性这一显著优点，这样便使得植株的基因型可以完全展现出来,从一个作图群体中可以得到最大量的信息。此外,它们的分析只要使用到PCR和琼脂糖凝胶电泳，成本低。
1 材料与方法
1.1初定位原理
将以拟南芥Col-0生态型为背景的突变体与Ler生态型进行杂交，获得F1代个体，并检测突变位点的显隐关系。同时F1代植株进行自交，得到F2代种子。将F2代种子种下，待其长成植株后观察并统计其表型比例是否符合孟德尔遗传分离规律则说明该突变性状为质量性状。
选取有突变表型的F2个体，并对其基因型进行分析。在每条染色体上设计一定数量的分子标记，以该分子标记为引物，以具有突变体表型的F2代个体基因组为模板进行PCR和凝胶电泳分析该个体在此分子标记处的基因型。根据个体基因型情况寻找发生染色体交叉互换的个体，并通过分子标记确定其交换发生的位置，而后根据发生交换的个体的表型确定候选基因所在的大致区间。在发生交换并且染色体位置距离最近的两个分子标记之间继续设计密度更高的分子标记进行精细定位。