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1. 将40μlPCR产物和Buffer PB按体积比1:5加入,混匀;
2. 在混合液中加入10μl 3M sodium acetate, pH5.0调节溶液的PH;
3. 将QIA quick spin column放在2ml的collection tube上,在spin column中加入样混合液,13,000rpm离心45s;
4. 舍弃底部收集管中的液体,加入750μl Buffer PE,13,000 rpm离心45s;
5. 将spin column放在新的2ml collection tube上,13,000 rpm离心1min;
6. 将spin column放在干净的1.5ml离心管中,加入50μl 无RNA酶水,13,000 rpm离心1min。收集到的液体即为纯化后的PCR产物。
1.4.3 PCR纯化产物的质量检测
用NanoDrop 紫外或可见光光度计对于QIAGEN试剂盒所纯化的PCR产物质量进行了检测。测定280、320、230、260nm下吸光度,它们分别代表核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。一般看R(OD260/OD280)值,当R≈1.80时,说明纯度是较高的。测定结果显示,当PCR产物纯化后,R值均在1.85-1.90之间,OD260/230的值在2.60-2.70之间。
1.5 线粒体基因组的测序
将扩增的线粒体DNA片段进行纯化后,送往北京诺禾致源公司测序。
1.6 线粒体基因组拼接分析
使用Geneious 8.0
软件
拼接线粒体基因组的高通量测序结果,基因组的拼接以NCBI已提交的线粒体基因组的序列作为参照,拼接采用默认参数。
1.7 线粒体基因组选择压分析
利用DNASP软件对20个HGI和20个HGII单倍型灰飞虱进行DNA多样性分析、同义突变和非同义突变的统计、和Tajima’s D的检测。
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