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1.2.3透明
透明步骤的目的是为了让组织中的脱水剂能够被透明剂所替代 ,以便于石蜡能够顺利地渗入到组织当中 ,同时增强组织的折光系数。常用的透明剂为二甲苯。使用透明剂同样也有浓度梯度。开始时将材料放在二甲苯和无水乙醇比例为1:1的透明剂中 ,然后再放到二甲苯中，时间总计在2h左右。
1.2.4浸蜡与包埋
把透明后的材料放入溶解状态的普通石蜡中 ,让材料里含有石蜡 ,以便包埋时候能与包埋蜡融为一体。完成之后配制包埋蜡，用普通石蜡9份，蜂蜡1份两者混合而成。前者硬脆易碎，后者柔韧且富有弹性 ,两者混合以便于切片。然后进行蜡块的制作。首先制作一个蜡槽，把溶解状态下的包埋蜡倒入到蜡槽当中，紧接着根据材料的大小与方向将浸蜡后材料取出快速放入到蜡槽底部,最后一步将蜡槽放于冷水中制成蜡块。使包埋蜡与材料溶为一体，最后形成蜡块，以便于切片。
1.2.5切片、贴片以及脱蜡复水
在包埋以后，就可以进行切片。包埋好的石蜡块装上切片机进行切片前还须进行固着和整修。首先进行固着操作，旋转式切片机上一般都附有可固着石蜡块的金属小盘，它也可用同样大小的台木替代。用加热的蜡铲将包埋块粘贴于固着物上，并使组织块朝外，便于以后迅速切出所需的片子。紧接着开始整修，用加热的蜡铲或刀片将固着的包埋块四周修平，使上下两面修成平行面，常保留组织周围附着宽2 mm～3 mm的石蜡，而修好的蜡块呈长方形。并削去一角以便于在蜡带上识别切片。然后开始贴片，采用切片机将已经包埋好的材料切成薄片 ,使薄片厚度保持在在210 um左右。利用贴片剂把蜡片固定在清洁的载玻片上。具体的操作步骤为：首先在洁净的载玻片上涂一层贴片剂 ,用手指抹平。然后在上面滴一滴清水，将蜡片置于清水滴中。后把整个装置放于水浴锅中展开，进行烘干操作。
贴片完成后利用二甲苯脱蜡两次，两次均是依次将切片放入二甲苯Ⅰ20 min-二甲苯Ⅱ20 min-无水乙醇Ⅰ10 min-无水乙醇Ⅱ10 min-95%酒精5 min-90%酒精5 min-80%酒精5 min-70%酒精5 min-蒸馏水洗，脱蜡完成。