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土壤是一个有机整体，其中土壤微生物是影响土壤性质的主要原因之一。研究表明，土壤微生物总量、活性和有益微生物数量多少是判断土壤质量和健康状况的重要指标[5]。特别是号称“植物第二基因组”的根围微生物与植物健康的关系息息相关[6]（图1）。
植物在生长过程中将40%左右的光合作用产物都通过根分泌到了根围土壤中[7]，从而使得植物根围微生物的种群密度远远高于非根围土壤，这就是“根围效应”[8]。据报道每克根表面最高可以分布1011个微生物细胞[9]。其中原核微生物的种类在3万种以上[10]。根据对寄主植物的影响可以把根围微生物分为3个主要的类群：即病原微生物、有益微生物以及占主要部分的其它既无害也无益的类群，这三个类群在农业生产中会随着农药、化肥的使用以及农业措施的改变而发生变化，当达到动态平衡时，其中成为优势种群的微生物会通过自身作用表现出对于寄主植物的相关影响[11-12]。
因此，探明菇渣还田后植物根围微生物多样性，有益种群及病原菌动态变化以及与植物健康与否的关系非常重要。本研究旨在通过PCR-DGGE方法分析黄瓜-草菇轮作模式下菇渣还田对于黄瓜根围微生物多样性的影响，从根围微生物的角度为菇渣还田提供理论基础。