1 材料和方法
1.1 材料来源
在NCBI的Protein数据库中查询获得3条短根瘤菌属多酚氧化酶蛋白序列,如下:
>gi|504304904|ref|WP_014492006.1| polyphenol oxidase [Bradyrhizobium japonicum]
MTLASSLLSAVPGLRHAFFTRDGGVSGGIYSALNGGLGSNDDPAHVAENRRRMAEHVGVAPERFISLHQIHSPDVLVAEAPWPSGPRPKGDALVTKTPGIALGVSTADCGPVLFVDPNARVIGGAHAGWKGALTGVLEQTISAMEKLGATRGGIIAAIGPLIRQDSYEVGNEFVARFIEADADNAVFFIPSVRAGHAMFDLAGFIRKRLEAAGILMIDDLGLDTYADERFFSYRRSVHRKEPDYGRHIHAIALEG
>gi|522096952|ref|WP_020608161.1| polyphenol oxidase [Bradyrhizobium japonicum]
MMTVASSLLSAVPGLRHAFFTREGGVSGGIYAALNGGLGSNDDQALVAENRRRMAEHVGVAPERFISLHQIHSPDVLIAELPWPSGPRPKGDALVTKTPGIALGVSTADCGPVLFVDPNARVIGGAHAGWKGALTGVLESTISAMEKLGATRGGIIAAIGPLIRQESYEVGNEFVARFIEADADNAVFFIPSVREGHAMFDLAGFIRKRLEAAGILMIDDLGLDTYADERFFSYRRSVHRKEPDYGRHVHAIALEA
>gi|515300819|ref|WP_016844498.1| polyphenol oxidase [Bradyrhizobium elkanii]
MTLGSPLLSAIPGLRHAFFSREGGVSEGIYAALNGGLGSRDDPAKVAENRRRMAEQLGVPLDHLVSVHQVHSPDVVVVTGPWNGAARPKADALVTRSEGLAISVTTADCGPILFVDPNARVIGAAHAGWKGALTGVLESTIDAMEKLGAERGGIVAAIGPLIRKESYEVGNEFVERFIEADAENGMFFMPAERDGHAMFDLAGFIRMRLENAGVLMIDDLGIDTYSDERCFSYRRSVHRKEADYGRLVHAIALES
1.2 生物信息学分析软件
利用ExPASy网站的Protparam(http://web.expasy.org/protparam/)分析短根瘤菌属多酚氧化酶的氨基酸数目、氨基酸组成、等电点、分子式、亲水性等。利用TMHMM软件(http://www.cbs.dtu.dk/ services/TMHMM-2.0/)进行跨膜区预测;利用NetPhos2.0进行磷酸化分析;利用 EXPASY网站的SOPMA软件对几种短根瘤菌属多酚氧化酶的二级结构进行预测分析[9]。
利用GlobPlot软件(http://globplot.embl.de/)对短根瘤菌属多酚氧化酶蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析;利用EXPASY数据库的GENO3D(http://geno3d -pbil.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d)对短根瘤菌属多酚氧化酶的三级结构进行预测分析;利用DNAMAN进行进化分析,构建进化树[11]。
2 结果与分析
2.1 生物信息学分析
2.1.1 基本理化性质分析
对短根瘤菌属多酚氧化酶基本理化性质进行预测,结果如(表1)(表2)所示>gi|504304904分子式为C1209H1897N349O352S6.分子量为 27415.8理论等电点(pI)为6.19,有255个氨基酸,包括20种氨基酸,含量最高的是Gly(11.8%)和Ala(12.9%),含量最低的是Cys (0.4%) 和Trp(0.8%),带负电荷的氨基酸残基29个(包括Asp,Glu),带正电荷的氨基酸残基25个(包括Arg,Lys),该蛋白质总平均亲水系数为0.008,为亲水蛋白质,消光系数为18450,脂肪系数为91.53,不稳定系数为33.01,为稳定蛋白质。>gi|522096952分子式为C1219H1920N348O355S7,分子量为 27355.1,理论等电点(pI)为 5.99,有256个氨基酸,包括20种氨基酸,含量最高的是Ala(12.9%)和Gly(11.3%),含量最低的是Cys (0.4%) 和Trp (0.8%),带负电荷的氨基酸残基30个(11.7%,包括Asp,Glu),带正电荷的氨基酸残基25个(9.7%,包括Arg,Lys),该蛋白质总平均亲水系数为0.053,为疏水蛋白质,消光系数为18450,脂肪系数为93.83,不稳定系数为31.11,为稳定蛋白质。>gi|515300819分子式为C1206H1910N348O363S10,分子量为 27413.1理论等电点(pI)为5.39,有255个氨基酸,包括20种氨基酸,含量最高的是Gly(11.0%)和Ala(12.2%),含量最低的是Cys (0.8%) 和Gln(0.8%) 和Trp(0.8%),带负电荷的氨基酸残基35个(13.8%,包括Asp,Glu),带正电荷的氨基酸残基26个(10.2%,包括Arg,Lys),该蛋白质总平均亲水系数为-0.035,为亲水蛋白质,消光系数为18575,脂肪系数为91.10,不稳定系数为29.23,为稳定蛋白质。
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