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侦探小说、悬疑小说一直深受小说阅读者的广泛喜爱的原因在于，此类小说的创作模式满足读者阅读的完型心理，即此类小说大多都有一个完型的“谜题环”——由案件谜题的发送做为起因、紧张跌宕的解谜过程做为经过、破解谜题得出答案而得到奖励或救赎做为结果的三部分所组成。跟大多数我们曾阅读过的侦探小说、悬疑小说相类似，《达·芬奇密码》也有这样一个完型的“谜题环”，它是以一起发生在巴黎卢浮宫的凶杀案做为谜题的谜面，以主人公兰登教授和索菲的活动发展作为解谜的过程，以侦破案件和寻找“圣杯”下落为谜题破解的最终点，其间情节节奏紧凑、悬疑跌宕，让读者的心随之颠沛不定。
不同的是，《达·芬奇密码》巧妙的运用其情节展现的结构特点，以层层嵌套的方式展现在读者面前。即在大的“谜题环”中，又嵌套着一个个小的“谜题环”。通过对整部小说的整理，我们得到这样一个故事发展的线索：
索尼埃留下藏有“密码”信息的遗言——兰登成功破解遗言并被指引来到《蒙娜丽莎》前——兰登在《蒙娜丽莎》的背面找到打开“圣杯之谜”的钥匙——兰登通过钥匙上的标识找到瑞士苏黎世银行——苏菲运用遗言中的密码信息得到银行密码，并找到存放在银行里的紫檀木盒——兰登通过紫檀木盒上的五瓣玫瑰图案找到能打开拱顶石（密码筒）的线索的五步抑扬格诗歌——提彬和兰登合作破解诗歌内含得到能打开拱顶石（密码筒）的密码，并得到第二个密码筒……兰登破解莎草纸上的密码诗，并在其指引中寻找“圣杯”（莫达拉的玛利亚的坟墓）……