阿托伐他汀最为严重副作用为肌酸激酶（CK）升高导致的肌病和横纹肌溶解症，虽然发生机会低于1%。头痛是最常见的副作用，大约10%的患者身上都会发生。
其他副作用（发生机率在1~10%之间）包括：无力、失眠和头晕、胸部疼痛和外周性水肿、皮疹、腹痛、便秘、腹泻、消化不良、胃肠胀气（FlatuLence）、恶心、泌尿道感染、关节痛、肌肉痛、背痛、关节炎、鼻窦炎、咽喉炎（Pharyngitis）、支气管炎、鼻炎、感染、流感样综合征和过敏性反应。
一小部分服用本药和/或其它他汀类药物的患者曾引致失忆，尤其是女性。因胆固醇的合成，是正常的神经元功能所必需的。
在少数情况下，谷丙转氨酶（ALT）和天冬氨酸氨基转移酶（AST）水平会升高。有报告指出高剂量阿托伐他汀能使血糖控制恶化
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