对于运河河道的治理，在相当程度上还包括对于黄河河道的治理。甚至对于黄河河道治理的好坏，直接关系到明清时期的漕运是否通畅。对于河道治理这一工程，因运河纵贯南北，而其倚为水源的钱塘江、长江、淮河、黄河和海河五大水系，却都是横贯东西的，双方必须在中途交会，方能给运道灌注新的源源不断的血液和生机，这就加大了河道治理的难度。其它水系尚无多大问题，唯独黄河不仅因为它是“合千支万派之水而来，其势浩瀚，其力勇猛，其行如疾雷飞电，猝然而至，每令人措手不及。”[14]卷5全河归故疏更因它还将所经过之豫西、山陕黄土高原，沿途冲刷的巨量泥沙，裹挟而下，到中、下游平缓开阔的豫东、鲁西以及苏北地区后，又骤然水慢沙停，导致河床日渐形成严重的水灾，从而严重的影响和破坏了漕粮的运输。再加上，上至茶城与会通河，下至清口与淮河的这条河道，正是黄河被作为漕粮运道的部分，明朝人万恭说：“黄河自清河迄茶城五百四十里，全河经徐、邳，则二洪平，舟以不败。”这就是说，茶城至清河间的540里的黄河，已成为明京杭大运河的一个重要部分[15]P109。