1.3.2 不同物种的蛋白序列关系    3
       1.3.2.1 序列比对    3
       1.3.2.2 建立进化树    3
       1.3.2.3 绘制柱状图    3
2 理论原理及计算方法    4
     2.1 ChemOffice软件简介    4
     2.2 SYBYL软件简介    4
     2.3 研究方法概述    5
      2.3.1 分子立场    5
      2.3.2 分子叠合    5
      2.3.3 分子优化    5
      2.3.4 CoMFA与CoMSIA    5
      2.3.5 Molecular docking    6
      2.3.6 分子进化    6
     2.4 研究方案    6
3 HMG-CoA合成酶抑制剂活性预测及定量构效关系研究    7
     3.1 3D-QSAR模型构建    7
      3.1.1 模型操作步骤    7
      3.1.2 模型结果分析    8
       3.1.2.1 分子叠合结果    9
       3.1.2.2 回归分析结果    13
       3.1.2.3 活性预测结果    14
       3.1.2.4 CoMFA/CoMSIA等势图    16
     3.2 分子对接    17
      3.2.1 对接操作步骤    17
      3.2.2 对接结果分析    17
4 HMG-CoA合成酶蛋白序列及分子进化规律研究    20
     4.1分子进化    20
      4.1.1序列比对    20
      4.1.2 进化树    28
      4.1.3柱状图    33
5结论    34
    致谢..35
    参考文献..36   
1 绪论
1.1 研究的背景与目的
羟甲戊二酰辅酶A合成酶也叫做HMG-CoA合成酶是酮体生成过程中的一个酶，是乙酰CoA和乙酰乙酰CoA通过化学反应得到的有6个碳的3-羟甲基戊二酸单酰CoA，接着再由一系列的连锁反应生成乙酰乙酸、β-羟丁酸以及丙酮。[1]
人体的肝脏是生成酮体的主要器官，接着通过人的循环系统传输到需要消耗能量的目标器官，特别是在脑部，血脑屏障允许酮体的经过，从而保证脑部在低血糖时使用。
分子进化是当前生物进化研究最为先进、最为活跃的领域之一。主要研究的内容包括生物大分子的演变，而生物大分子的演变又细分为蛋白质分子的演变、核酸分子的演变和遗传密码的演变。在演变的过程中，主要研究内容包括同源性分析、进化速率估计、系统发育树、分子种及基因起源等方面。越来越多的科学家通过分子进化的方法来研究疾病的发生、演变的规律，寻找最有效的治疗和研制新药方法，为分子进化开拓了新的方向。[2]
核酸[3]作为遗传物质，一般情况下，低等生物的DNA量是最少的，反之；但是当物种进化到一定阶段时，基因的数目不在成比例的增加导致代谢与人没有太大的差别，说明酶的结构基因没有太大的增加。在进化的过程中，除了物质的量在改变之外，质也有变化。 羟甲戊二酰辅酶A合成酶分子进化及其抑制剂定量构效关系研究(2):http://www.751com.cn/yixue/lunwen_35089.html