48.45%
46.96%    90.25%
90.27%
93.06%
注：样品：样品分析编号；Clean reads：Clean data中的pair-end Reads总数；Clean bases：Clean Data的总碱基数；GC content：Clean Data GC含量，即Clean Data中的G和C两种碱基占总碱基的百分比；≥Q30%：Clean Data质量值大于或等于30的碱基所占的百分比。

2.2转录组数据与参考基因组序列对比 
选取罗非鱼全基因组作为参考基因组，将对比到参考基因组上的Reads称为Mapped Reads。对比结果如表2所示。L180X与L30X对比效率均大于80%，对比效率较高，有利于下游的数据分析。而t的64,971,684条Reads仅有1,029条对比到参考基因组上，因为参考基因组属于罗非鱼与虾的生物学分类关系较远。
表2 样品测序数据与参考基因组的序列对比结果统计表
Tab.2 The reads of sample mapping with reference genes
样品
Sample    总读长
Total Reads    对比的读
Mapped Reads    特殊对比的读
Uniq Mapped Reads    多对比的读
Multiple Map Reads    对比到“+”的读
Reads Map to ‘+’    对比到“-”的读
Reads Map to ‘-’
L180X    50,258,478    41,688,521 (82.95%)    40,604,440 (80.79%)    1,084,081 (2.16%)        20,618,162 (41.02%)    20,600,785 (40.99%)
L30X    52,579,466    44,563,037 (84.75%)    43,134,564 (82.04%)    1,428,473 (2.72%)    22,058,891 (41.95%)    22,050,874 (41.94%)
t    64,971,684    1,029 (0.00%)    951 (0.00%)    78 (0.00%)    363 (0.00%)    647 (0.00%)
注：样品：样品分析编号；Total Reads：Clean Reads数目，按单端计；Mapped Reads：比对到参考基因组上的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比；Uniq Mapped Reads：比对到参考基因组唯一位置的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比；Multiple Map Reads：比对到参考基因组多处位置的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比；Reads Map to '+'：比对到参考基因组正链的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比；Reads Map to '-'：比对到参考基因组负链的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比。
2.3 基因表达量分析 
样品L180X中表达的基因有24,076个；样品L30X中表达的基因有24,212个；样品t中表达的基因有2个，通过功能分析预测它们分别为髓鞘少突胶质细胞糖蛋白样基因(myelin-oligodendrocyte glycoprotein-like)和α-1B肾上腺素受体样基因(alpha-1B adrenergic receptor-like)。经过筛选后，在样本L180X和L30X间共有2,756个基因差异表达，其中上调基因1,105条，下调基因1,651条；L180X和t之间共有18,087个基因差异表达，都为下调；L30X与t之间差异表达基因18,642个，均为下调如表3所示。对样本间差异表达基因做文氏图（图1），三个样本共同的差异表达基因1420条，L180X与t之间差异表达基因18087条，L30X与t间差异表达基因18642条，L180X与L30X间差异表达基因2756条。 基于转录组的鱼虾精巢差异表达基因分析(3):http://www.751com.cn/shengwu/lunwen_20827.html