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2005年，第二轮农村税费改革彻底减免了农民需要上交的农业税，给农村义务教育投入机制带来了巨大的影响。在农村税费改革之前，我国农村教师的工资收入主要来源于以下四个方面：乡镇财政拨给的款项、农村教育附加费、学校从学生中收取的教育费用和中央财政补给支付。农村税费改革以后，教育收费和教育附加费取消了，乡镇级政府和农民不用再承担义务教育的费用，其费用基本上落在县级政府身上，而大部分的县财政资金较为紧张，基本上为吃饭财政。这使少数财力比较弱的县负担不起，于是出现了教师的工资难以支付、教育欠债偿还困难、学校的运转不正常等问题。在缺少国家财政拨款支持的情况下，农村教育主管部门因为财政困难，只能把增收超过学费的附加费用变成其主要的经济来源，来文持学校的正常运转。不仅农村中小学校教师的工资发放不能得到保障，而且农村中小学公用经费和修缮经费经常不能得到落实，学校公用费用运转困难重重，部分学校欠债问题久拖不决，利上加利，学校已经负担不起。有的学校为了学校的发展和老师的福利，就想办法变相从学生那里收取各种费用。
通过对周口项城市的走访调查得出，项城市2011年财政支出59.56亿元，其中教育支出3.86亿元，教育支出占总财政支出的6.4%。从数据上可以看出项城市财政支出中教育支出所占比例较小，教育投入较低。通过对项城751中学生学杂费的问卷调查得出，平均每位学生书本、资料、试卷费用、营养奶等每人每学期约需要400元。其中21%的学生认为可以负担这些费用，49%的学生认为基本可以负担，30%的学生认为学杂费过多。从中可以看出虽然普及了九年义务教育，但由于财政投入较少，学生仍然有很重的经济压力。政府投入的不足同时也给学校的各项建设带来了不良的影响。
农村由于经济落后的原因，学校的办学条件相对较差。一方面，学校的硬件设施不足，有的学校甚至没有足够的教室，只能几个年级的学生在一个教室上课。以项城751中为例，项城751中位于项城市东郊，学生800多名，仅有2栋教学楼，办公楼和寝室楼共用。学校占地面积11亩，操场较小，不能满足学生们锻炼身体的需要，作为一所寄宿式学校，学校宿舍楼房间较少，不能满足学生的住宿需求，迫使一些学生在夜晚也要赶路回家，这给学生的人身安全留下隐患。学校食堂，设施简陋，桌位较少，学生只能站着吃饭。另一方面，学校的软件建设不合理，食堂工作人员服务水平低，饭菜单一，操作间卫生条件较差，直接影响学生的身体健康。尤其是涉及道德、心理、人身、安全等方面教育理念缺乏，没有形成完整的理论系统，根本谈不上德、智、体、美、劳方面对学生的教育与指导。学校的办学条件差必然会对教师的各个方面产生不良影响。
由于教师工资水平低、农村生活条件差、交通不便利，很少有高校毕业生愿意主动到农村学校任教，即使有特岗招聘，也是干不久就走了。而农村学校的原有教师由于继续受教育机会的有限，且普遍年龄较大，有的早已退休又返聘上岗，自身教育技能的提高非常缓慢。有的老师为了贴补家用，还要进行农业劳动或打零工。因此教师的精力难以全部投入到教学中去，从而使得农村的师资力量薄弱。以周口市太康县王庄村小学为例，全校仅有22名教师，由于教师不足，只能正科教师带副科。目前农村义务教育教师结构出现奇怪的现象：哥哥姐姐教高中，叔叔阿姨教初中，爷爷奶奶教小学，义务教育阶段教师的结构安排极不合理。
有的家长由于自身受教育水平低，经济拮据的制约以及对国家义务教育政策的不甚了解，从主观意识上不重视小孩的受教育问题，认为小孩认识几个字就可以外出打工挣钱了；有的家长受封建时代重男轻女思想的影响，认为女孩不用上学，上学也是浪费钱，女孩早晚都是别人家的人，指望不上。还有的家长认为自己的孩子不聪明，上学没有大的前途，索性就让孩子辍学。这就使得义务教育学龄的儿童辍学率大大加大。以周口扶沟二中为例，2013年，全村人口894人，其中学龄儿童159名，实际在读的学生122名，37名学生因各种原因不能在校学习。外出务工学龄少年人数19名，12名是在家长的劝说下离开学校踏入社会的，其中11名是女孩。以小窥大从中可以看出家长教育理念的落后，已经对义务教育的发展产生了较大的负面影响。