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为了使科技兴贸战略得到更好地实施，1999年初国家建立了科技部、外经贸部科技兴贸联合工作机制，第二年的扩张活动增加了信息产业部，同一年的下半年又增加了国家经贸委，2002年下半年又将质检总局、海关总署、国家税务总局、财政部融合进该机制，到此为止，联合工作机制增加到了8部门，比之前的4部委增加了一倍，同时还也成立了科技兴贸领导小组，并在外经贸部科技司设立了办公室；国务院在2003年上半年调整机构的过程中，外经贸部被商务部所取代，国家经贸委被国家发改委所取代，恢复成原来的由八部委共同贯彻落实科技兴贸战略。科技兴贸联合工作机制成功地解决了由于计划经济条件而产生的“产业科技、对外贸易三者之间联系越来越疏松的管理体制障碍”，以产业作为主体、科技作为动力、贸易作为龙头，使产业和科技同时向对外贸易提供双重的动力支持，使发展的后劲得到保持，与此同时使产业发展和对外贸易对科技的带动、促进和引导作用得到充分的发挥。
为了全方位科技兴贸战略进行贯彻落实，将各地方企业和该地方外经贸主管部门之间的联系变得更为密切，政府陆续选定了100家科技作为重点企业加入到贸易兴隆国家战略中，京津沪等20个科技兴贸战略中的重点城市，25个科技兴贸战略中的重点高新技术产品对外出口基地；同时还明确了软件、中药、视听设备、计算机及外围和通讯等12个大类的重点高新技术产品；并且积极组织重点高新技术企业和产业去参与北京科博会、深圳高交会、杨陵农高会和上海工博会等四大高新科技产品技术会展，为高新技术企业和行业搭建起我国高新技术成果的交易平台和展示窗口。
2.3“科技兴贸”战略的实施成效
2.3.1确立高新技术产品对外出口问题在我国外贸发展中所处的重要地位
传统产业所拥有的国际分工格局、国际贸易结构和比较优势由于知识经济和高新技术产业发展的影响，发生了重大变化，高科技产品目前已经成为了世界贸易中最具有力量的驱动和对外出口中各个国加所争夺国际贸易的制高点。为了贯彻落实科技兴贸战略，达到对国际贸易结构和世界经济的进步潮流适应的效果，这将会极大地促进我国对外贸易的进步。
2.3.2高新技术产品对外出口规模的快速增长带动对外贸易的快速发展
我国对外贸易的快速发展是由于高新技术产品对外出口规模的快速增长所带动的，自从开始落实科技兴贸战略以来，我国高新技术产品对外出口额一直保持着快速增长的态势。高新技术产品对外出口规模每一年都会上一个新台阶。从总量上来看，自落实科技兴贸战略的这几年以来，我国高新技术产品进对外出口总额累计达近10000亿美元。