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（二）加工贸易处于价值链的低端环节
加工贸易价值链包括原材料和零部件的采购、加工生产、仓储运输和销售等诸多环节。在价值链的各个环节里，产品的生产制造、加工、装配等属于劳动密集型环节，在价值链体系中所占比例较低，产品附加值比较少。由于我国具有大量的廉价劳动力和丰富的原材料，我国加工贸易企业从事的大多是价值链体系中的劳动密集型环节以及技术密集型产品的加工等劳动密集型环节，附加值较低，处于加工贸易价值链的低端，对加工贸易的发展起到作用比较微弱，不利于价值链的延伸。如广东、福建等沿海地区，加工贸易的增值环节主要体现在对原材料、零部件和技术设备的生产制造加工阶段，真正体现技术水平的产品和设备大多依赖进口，致使我国加工贸易仍处于价值链的低端环节，附加值低。
三、我国加工贸易国内价值链延伸面临的问题
（一）中间产品的本地投入比例不高
中间产品的采购是延长加工贸易价值链的重要环节之一。我国加工贸易国内产品的采购存在一些问题，阻碍了加工贸易国内价值链的延伸。第一，我国加工贸易国内采购比较普遍但采购率不高。随着我国加工贸易的不断发展，生产中间产品的企业也逐渐增多，对国内中间产品采购的加工贸易企业也慢慢增多。但是由于我国政策的制约（如来料加工的出口退税问题），大大阻碍了我国加工贸易中间产品的国内采购比例，导致我国加工贸易中间产品本地采购率较低。第二，国内采购主要以原材料、零部件等初级产品为主。发达国家利用我国的廉价劳动力和原材料，将大量的产品在中国进行生产。由于我国的中间产品质量不高，所以加工贸易企业在国内采购的中间产品大多数以原材料、零部件等为主，进行劳动密集型产品的生产。
（二）国内产品配套率和增值率较低
东道国应该尽可能多的参与加工贸易价值链的环节，由于我国相关产品的质量和技术水品不高、从业人员的技术素质低等原因，致使加工贸易中大量的中间产品和零部件大多数都是从外国进口，很少购买相关的国内产品，从而导致了我国加工贸易中间产品的配套率和采购率较低，不能促进我国相关行业的发展。加工贸易增值率同样偏低，从表1可以看出，1991-1995年的加工贸易增值率一直在25%-30%之间徘徊，加工贸易系数也是在1.2-1.3之间，1996年以后，加工贸易增值率有所增长，加工贸易系数在增长了0.3个点之后，基本上徘徊不前，说明了我国加工贸易国内增值率低，加工贸易价值链较短，并且处于价值链的低端。
表1 加工贸易增值率的变化
加工贸易出口额（亿美元） 加工贸易进口额（亿美元） 加工贸易进出口差额（亿美元） 加工贸易增值率（%） 加工贸易增值系数
1993 442.5 361.8 80.7 22.31 1.223
1995 737.18 583.59 153.59 26.32 1.263
1997 996.58 701.96 294.62 41.97 1.419
1999 1108.52 735.78 372.74 50.66 1.507
2001 1474.3 939.7 534.6 56.89 1.569
2003 2418.5 1629.4 789.1 48.43 1.484
2005 4164.7 2740.1 1424.6 51.99 1.520