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1.加工贸易企业发展时间比较短。我国加工贸易企业在短时间内迅速发展，导致加工贸易企业经验不足，不能适应加工贸易快速发展的需要，处于企业发展的低级阶段。我国加工贸易本身发展的时间不长，而加工贸易企业的发展时间相对来说就更加短暂，不能适应快速发展的加工贸易的需要，同时也不能满足投资商和客户的需求，这就使加工贸易的发展遇到许多阻碍，不利于价值链的延长。
2.加工贸易企业资金不充足。由于我国加工贸易企业发展比较短暂，并且大多数企业都是民营企业，规模相对来说比较小，没有雄厚的资金做后盾，生产设备不能及时的进行更新换代，影响了产品的质量和销售渠道的建设，阻碍价值链的延伸。
3.企业营销渠道不畅。我国加工贸易企业发展的时间比较短，没有足够的人力物力去进行销售渠道的建设，导致加工贸易企业缺少自己的销售渠道。同时，加工贸易“两头在外”的特点导致了大量的销售渠道掌握在外资企业和中间商手中，自身的销售渠道并不多，不能满足企业快速销售产品的需要。
（五）加工贸易对相关产业的带动作用较弱
现阶段，我国加工贸易最突出的特点表现为“两头在外”和“大进大出”。“两头在外”的加工贸易模式必然导致进口大量的原材料，这会给国内相关原材料产业的发展带来负面冲击；而在“大进大出”模式中，由于外商控制着核心技术和销售渠道，中方只参与简单的加工环节，从而造成我国加工贸易的真正经营主体是外方而非我国国内经营方，因而使我国原有的产业基础不能充分发挥作用，延缓了加工贸易对我国产业发展的带动作用 。我国加工贸易一般只参与贸易产品的制造和生产，所以造成了加工贸易的经营主体是外商投资者，而不是我国的加工贸易企业，导致我国加工贸易不能充分发挥自己原有的产业优势，影响国内相关产业连带效应和聚集效应的发挥。 而且，我国许多加工贸易企业还处于简单的“进口—加工—出口”的初级阶段，对产品的加工程度不深，影响产品更新换代和产业升级，对配套协作企业的带动作用较弱。
四、延长我国加工贸易国内价值链的对策
（一）提高中间产品的本地化率
延长加工贸易的价值链就是为了带动国内相关产业的发展，提高了加工贸易料件的本地化率，也就促进了国内原材料、零部件的生产。提高加工贸易中间产品的采购率，要从以下几个方面着手：
1.制定和完善出口退税制度。从表2可以看出，受现行来料加工国内采购不退税政策的影响，2012年我国的进料加工增值率为92.6%，来料加工增值率仅为17.1%，较2011年仅仅增长了两个百分点。政府应该完善来料加工和进料加工的税收政策，使来料加工企业享有与一般贸易相同的出口退税政策，调动来料加工企业采购国内产品的积极性，提高来料加工贸易企业的国内采购率。调整原有的税收政策，通过降低生产、销售中间产品的企业收税标准，降低中间产品的价格，提高企业中间产品的采购率，以出口代替进口，提高本地化采购率。
2.提升中间产品的质量。中间产品质量不高是影响加工贸易国内采购率的因素之一，我国加工贸易企业应该树立重视产品质量的意识，严格控制和执行好产品的制作流程，通过加强对产品质量的检测，控制产品的生产过程和检验。同时，加大科技投入，更换先进的设备，提高产品的质量和科技含量，更要提高企业的管理水平，加强产品的出厂检验，以保证产品的质量达到国际标准。