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学者刘玉龙、刘晖和彭滔在《破解社会抚养费征收难题的实践与启示》中也谈到了这一问题。
（2）社会抚养费征收过程中最突出的问题在于征收方在征收过程中的自由裁量权。
学者郭显超在《关于社会抚养费征收的自由裁量权问题探析》一文中解释到社会抚养费征收方面的自由裁量权是指人口和计划生育行政管理部门在依法享有的行政权限范围内，对违法生育的公民征收社会抚养费，可以在法定权限内根据违法生育的情形自行判断、自行确定、自行决定。
学者刘助亚在《论计划生育征收社会抚养费自由裁量权的控制》一文中提到征收社会抚养费自由裁量权中存在以下几个问题：一是征收尺度不统一。二是程序运用不规范。三是征收决定不合理。四是案件处理显失公正。
学者李松在《“社会抚养费”迷局》一文中提到，经调查发现，在一些省份，社会抚养费虽然是“收支两条线”，但30%-40%返还给基层乡镇政府。乡镇政府会拿出一定比例奖励给做计生工作的村干部和乡镇计生工作人员个人，同时拿出一定比例当作工作经费。在利益驱动下，有些地方政府并非根据超生情况的多少来收取费用，而只是下达征收“社会抚养费”的指标。
2.管理环节的问题
学者曹波玲在《计划生育社会抚养费征收管理探析》一文中详细介绍了社会抚养费在管理环节的两个问题：
（1）征收到位率普遍较低。社会抚养费征收难、到位率低的原因主要有以下几点:第一，传统生育观念的侵蚀，“养儿防老”、“传宗接代”、“多子多福”等旧传统影响了人们的生育观念。第二，目前，我国民众受教育程度还不够高、法律知识更是缺乏，导致民众依法交纳社会抚养费的意识淡薄，自觉缴纳社会抚养费的氛围尚未形成。第三，计生执法人员素质不高，执法随意性大甚至违法行政。第四，宣传力度不够。作为调控计划生育的辅助手段，社会抚养费的性质并不明晰，群众认识跟不上，不知法、不懂法、不守法，不能明白违法生育行为带来的社会危害性和强制缴纳社会抚养费的必要性，不能自觉依法办事，主动承担缴纳社会抚养费的义务。第五，综合征收机制不完善，基层计划生育执法力量薄弱。第六，征收标准不统一。第七，流动人口的社会抚养费征收难。
（2）社会抚养费的管理秩序混乱。表现在：第一，收费票据管理不规范。部分乡镇在征缴社会抚养费时没有按规定完全用于计划生育工作的开支，因此也没有全部使用“社会抚养费”专用收款票据，存在使用非专用票据收取该款的现象，更有甚者使用白条。第二，征收方式不当，开支范围不合理。一些乡镇不是根据实际情况征缴社会抚养费，而是下达征缴任务，造成“旱涝不均”。计划生育工作抓得好的地区完不成任务，计划生育工作差的地区征收金额大，甚至出现挪用、私分社会抚养费等问题。第三，基层执法人员法制意识与业务素质不高。基层执法人员在收缴社会抚养费的过程中，不尊重当事人合法权利、侵犯公民财产权甚至人身权的现象时有发生，极大地影响了计划生育工作的形象和社会的和谐稳定，也影响了民众自觉缴纳社会抚养费的积极性，还严重损害了政府公信力，并导致民政关系的进一步恶化。
学者魏清在《浅析社会抚养费》；学者翁历文和曾武祈在《社会抚养费征收法律规范中的问题与建议》；学者付金和韩明生在《对“社会抚养费”你了解多少》，展庐云在《社会抚养费征管过程中存在的问题及对策》等文章中都谈到了社会抚养费所存在的问题。