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    3.3.2与同地、不同时报道病毒株之间的比对    23
    3.3.3不同基因型病毒株之间的比对    25
    4 结论    32
    4.1诺如病毒流行株基因组序列收集    32
    4.2基因组序列的分类与代表株的选择    32
    4.3基因组序列比对与系统发育树的构建及分析    33
    4.3.1与同时、不同地报道病毒株之间的比对    33
    4.3.2与同地、不同时报道病毒株之间的比对    33
    4.3.3不同基因型病毒株之间的比对    33
    致  谢    34
    参考文献    34
    1     绪论
    随着经济的发展，人民生活水平的提高，人们对食物的要求不再停留在只是解决温饱问题那么简单，而是向着更高层次的方向发展，比如口感、风甚至是文化。生冷的食物凭借其未加修饰的风、新鲜的口感倍受消费者的青睐。但寄生在生冷食物中的诺如病毒却正威胁到人类的健康，由诺如病毒引起的急性肠胃炎暴发的案例在世界各地频频发生。
    诺如病毒以其传播范围广、感染性程度高、致病剂量低、传播媒介多样以及抵抗外界不理想条件能力强等特点，正在威胁着全世界人民的健康。
    1.1     诺如病毒概述
    诺如病毒又称诺瓦克病毒(Norwalk virus, NV)，最初由Kapikian等在1972年通过免疫电镜的方法从美国俄亥俄州诺瓦克镇一起非细菌性胃肠炎暴发的患者粪便中分离得到的[1]。此后，世界各地陆续自胃肠炎患者粪便中分离出多种形态与之相似但抗原性略异的病毒颗粒，并以发现地点命名，统称为诺瓦克样病毒(Norwalk-like virus, NLVs)。由于这些病毒呈圆形，无包膜，表面光滑，故也被称作小圆状结构病毒(small round structured viruses, SRSAVs)。诺瓦克病毒多年来经过多次命名，直至2002年8月第八次国际病毒分类委员会(ICTV)批准正式命名为诺如病毒(Norovirus，NV) [2]。
    近年来，随着对诺如病毒分子流行病学研究的深入，其重要性和危害性正逐渐被全面、系统的认识。诺如病毒是导致食源或水源性急性腹泻的主要病原，可引起非细菌性胃肠炎暴发[3]。
    1.2     诺如病毒暴发案例
    近年来，诺如病毒在全球范围内密集性暴发。2008年11月4日，上海出入境检验检疫局接到某大型邮轮报告：该船载有乘客2664人，乘务人员l087人，自10月22日从泰国曼谷起航后，船上陆续发现急性胃肠炎病例。11月2-3日出现发病高峰，至11月4日6：00发病人数已达285人(截止到11月6日22：00符合急性胃肠炎症状的病例达368人) [4]。上海出入境检验检疫局迅速开展现场检疫查验和流行病学调查，在进行急性胃肠炎相关病原的快速检测后，初步确认引起这次大规模急性胃肠炎的病原为诺如病毒。这是检验检疫系统首次在口岸确诊大规模诺如病毒感染暴发疫情。除上海外，国内其它多个城市和地区都有由于感染诺如病毒而暴发急性胃肠炎的案例，例如广东、长沙和浙江等城市和地区。2010年12月广州从化发生一起水污染引起的诺如病毒感染事件，共有429人发病，无人死亡。2007年3月6日，长沙市某中学发生诺如病毒感染性腹泻局部暴发。疫情发生后当地卫生部门立即启动突发事件应急预案，采取并落实综合控制措施，及时高效地控制了疫情，至2007年3月16日共发病160名。
    无独有偶，在美国诺如病毒每年能引起估计23000起散发性流行性胃肠道疾病，占了食源性疾病的三分之二。尤其是色拉、焙烤产品和冷盘等生冷食品与诺如病毒的暴发直接相关。美国的疾病预防控制中心调查估计，在1973到2006年间与绿色蔬菜有关的和确诊病因的食源性疾病的暴发中58.3%是由诺如病毒引起的[5-6]。由于感染诺如病毒而引起的流行性胃肠道疾病不仅发生在美国，在其他许多欧洲国家及地区也都有相关案例，如德国、丹麦等。2012年9月底，德国首都柏林以及东部三个地区1万多名小学生和托儿所的幼儿在学校疑似因吃了中国进口的冷冻草莓而发生食物中毒。德国当局随后已将此情况通报欧盟其他伙伴国，并从10月2号起回收了所有中国冷冻草莓。德国联邦消费者保护部当地时间8日公布最新消息称，罗勃特科赫研究院已在一包嫌疑草莓中找到了可引起非细菌性急性胃肠炎的诺如病毒。正是这批草莓引发了德国东部大规模呕吐腹泻肠胃病。
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