菜单
  

    1.5    miRNA和sRNA的靶基因预测和降解组验证
    采用默认参数设置的psRNATarget进行small RNA的靶基因预测(http:// plantgrn.noble.org/psRNATarget)[40]。对水稻日本晴穗中的差异表达基因分别上传到psRNATarget靶基因预测服务器预测靶基因,接着使用从next-Gen Sequence DBs(http://bowtie-bio.sourceforge.net)下载的水稻日本晴的穗的降解组测序数据进行靶基因的鉴定工作。归一化后的降解组测序序列(RPM, reads per million)利用软件bowtie与靶基因进行比对,基于以下考虑进行靶基因的鉴定:(1)在靶基因的识别位点从5‘端算起的第9至第12个碱基的范围必须包含降解组信号(以降解组短序列的5’端第一个碱基来计算信号位置);(2)降解组端序列归一化后的读数必须大于5RPM;(3)在预测靶基因识别位点包含降解组信号(同样以降解组短序列5’端第一个碱基来计算位置)且这些降解组短序列归一化后的读数必须大于10。通过实验室编写的Python脚本绘制t-plot图,以供后续人工筛选。经过人工筛选,我们鉴定得到了一批具有明显切割信号支持的miRNA和sRNA靶基因。最后使用软件Cytoscape进行sRNA和miRNA靶基因的调节网络的绘制。
  1. 上一篇:遮阴对水稻茎杆强度影响机理
  2. 下一篇:长江中下游夏玉米品种的耐密性差异及筛选
  1. 甜味抑制剂Lactisole对小鼠...

  2. 不同pH条件下小麦生长的生理响应研究

  3. 低pH环境下小麦生长发育的蛋白表达变化研究

  4. 有机钙及微量元素复合肥...

  5. 淮安市场常见海水鱼类及其分类地位分析

  6. 淮安市场常见淡水鱼类调查及其分类地位分析

  7. 一次平衡法研究水稻土中...

  8. 当代大学生慈善意识研究+文献综述

  9. 中考体育项目与体育教学合理结合的研究

  10. 酸性水汽提装置总汽提塔设计+CAD图纸

  11. 大众媒体对公共政策制定的影响

  12. java+mysql车辆管理系统的设计+源代码

  13. 河岸冲刷和泥沙淤积的监测国内外研究现状

  14. 杂拟谷盗体内共生菌沃尔...

  15. 乳业同业并购式全产业链...

  16. 十二层带中心支撑钢结构...

  17. 电站锅炉暖风器设计任务书

  

About

751论文网手机版...

主页:http://www.751com.cn

关闭返回