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    48.45%
    46.96%    90.25%
    90.27%
    93.06%
    注:样品:样品分析编号;Clean reads:Clean data中的pair-end Reads总数;Clean bases:Clean Data的总碱基数;GC content:Clean Data GC含量,即Clean Data中的G和C两种碱基占总碱基的百分比;≥Q30%:Clean Data质量值大于或等于30的碱基所占的百分比。

    2.2转录组数据与参考基因组序列对比 
    选取罗非鱼全基因组作为参考基因组,将对比到参考基因组上的Reads称为Mapped Reads。对比结果如表2所示。L180X与L30X对比效率均大于80%,对比效率较高,有利于下游的数据分析。而t的64,971,684条Reads仅有1,029条对比到参考基因组上,因为参考基因组属于罗非鱼与虾的生物学分类关系较远。
    表2 样品测序数据与参考基因组的序列对比结果统计表
    Tab.2 The reads of sample mapping with reference genes
    样品
    Sample    总读长
    Total Reads    对比的读
    Mapped Reads    特殊对比的读
    Uniq Mapped Reads    多对比的读
    Multiple Map Reads    对比到“+”的读
    Reads Map to ‘+’    对比到“-”的读
    Reads Map to ‘-’
    L180X    50,258,478    41,688,521 (82.95%)    40,604,440 (80.79%)    1,084,081 (2.16%)        20,618,162 (41.02%)    20,600,785 (40.99%)
    L30X    52,579,466    44,563,037 (84.75%)    43,134,564 (82.04%)    1,428,473 (2.72%)    22,058,891 (41.95%)    22,050,874 (41.94%)
    t    64,971,684    1,029 (0.00%)    951 (0.00%)    78 (0.00%)    363 (0.00%)    647 (0.00%)
    注:样品:样品分析编号;Total Reads:Clean Reads数目,按单端计;Mapped Reads:比对到参考基因组上的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比;Uniq Mapped Reads:比对到参考基因组唯一位置的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比;Multiple Map Reads:比对到参考基因组多处位置的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比;Reads Map to '+':比对到参考基因组正链的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比;Reads Map to '-':比对到参考基因组负链的Reads数目及在Clean Reads中占的百分比。
    2.3 基因表达量分析 
    样品L180X中表达的基因有24,076个;样品L30X中表达的基因有24,212个;样品t中表达的基因有2个,通过功能分析预测它们分别为髓鞘少突胶质细胞糖蛋白样基因(myelin-oligodendrocyte glycoprotein-like)和α-1B肾上腺素受体样基因(alpha-1B adrenergic receptor-like)。经过筛选后,在样本L180X和L30X间共有2,756个基因差异表达,其中上调基因1,105条,下调基因1,651条;L180X和t之间共有18,087个基因差异表达,都为下调;L30X与t之间差异表达基因18,642个,均为下调如表3所示。对样本间差异表达基因做文氏图(图1),三个样本共同的差异表达基因1420条,L180X与t之间差异表达基因18087条,L30X与t间差异表达基因18642条,L180X与L30X间差异表达基因2756条。
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