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干细胞系stem cell（1组）：H1-hESC。
诱导多能干细胞系induced pluripotent stem cell line（1组）：induced pluripotent stem cell。
体外分化型细胞系等细胞系in vitro differentiated cells（1组）：bipolar spindle neuron。
所下载的数据集编号汇总请见附录1；所有的详细数据统计结果请见附录2。
2．2 数据相关性分析
2．2．1 利用Pri-miRNAs信息，分析miRNA-seq和mRNA-seq的相关性 利用部分已知的编码Pri-miRNAs的DNA序列与宿主基因位置重叠关系，分析miRNA-seq（miRNAs表达量）和mRNA-seq（转录活性）之间的Spearman相关性。Pri-miRNAs不仅长并且包含与mRNA或pre-mRNAs相类似的5’端和3’端修饰，鉴于转录是研究最多又是miRNAs形成的第一步，因为pri-miRNAs由Pol II转录而来，与pre-mRNAs/hnRNAs非常相似，并且许多pre-mRNAs/hnRNAs和pri-miRNAs重叠，甚至本身就是pri-miRNAs[7,8]，当一个编码miRNAs的DNA序列被发现位于一个已知的基因里面或者位于其附近，那么通常认为这个已知基因（宿主基因）的转录会产生一个转录本，这个转录本最终会上调miRNAs的表达，然而，也存在这样的可能，miRNAs有它自己的启动子并且与“宿主”基因没有任何关系，也有可能是已知的宿主基因的转录本正好是两个或者可能更多个可以产生相同miRNAs的pri-miRNAs中的一个。还有一些情况下，miRNAs似乎形成其独立的转录单位，尽管它们仍然可能与其他基因共享转录本[8]。
而本试验的大多数结果（28组数据）表明以下结果正与此相一致：这个已知基因（宿主基因）的转录会产生一个转录本，这个转录本最终会上调miRNAs的表达，表1是结果中比较具有代表性的结果，置信度0.05时，即P值小于0.05，认为数据的差异具有显著性，因而相关系数结果可信度较高，但相关系数（ρ）相对较小（0.1-0.3，见表1），这些结果表明现有的数据含有很多噪音数据，会干扰结果，或者转录对于整体的miRNA表达的影响不大，或者影响miRNAs表达的除了转录还有很复杂的机制；但也有少数结果（13组数据）表明转录与miRNAs表达不具有相关性