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其中，Y_i是第i个材料性状测量值，I_pi是第i个材料第p个等位变异出现的指示变量， X_1i~X_ki是第i个材料基因组变异源于第1~k群体的概率Q值，β_1~β_k是亚群体各位点各等位变异的平均效应，ε是残差。
TASSEL软件的MLM程序，是利用标记信息计算每个品种归属于各亚群的后验概率Q矩阵和各品种间亲缘关系K矩阵，将两矩阵嵌入混合线性模型中以矫正群体结构和遗传背景对当前检测QTL的影响。其统计模型为：
b_0+∑_(i=1)^k▒〖x_i b_i 〗+e
其中，y为各材料的表型值，b0为截距，bi为最终模型中第i个位点的效应，k为最终模型中显著位点的个数，xi为对y材料的发生概率，e为残差。