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摘要：本实验研究利用PCR扩增技术对花马池盐湖卤水中提取的嗜盐细菌（halobacteria）总基因序列进行扩增，最后采用454高通量测序手段对16S rRNA基因序列测序，将测序结果与NCBI数据库进行序列比对，利用微生物分类学方法获得花马池盐湖卤水中嗜盐细菌多样性特征。经测序统计分析获得了26698个优化序列和207个OTU。所测的嗜盐细菌序列可归入10个门，15个纲，31个目，56个属。从花马池嗜盐细菌群落组成分析发现，在门水平上， 24.12%属于厚壁菌门，是已知门类中的优势菌群，其次20.01%是变形菌门。在纲水平上，芽孢杆菌纲（Bacilli）和变形菌纲(Gammaproteobacteria)是该环境中的优势菌纲，分别占总数的23.06%、19.42%，其次是放线菌纲（Actinobacteria）和纤文粘网菌纲（Cytophagia），分别占总数的5.24%，4.50%。在目水平上，乳酸杆菌目（Lactobacillales）、假单胞菌目 (Pseudomonadales) 和 着色菌目（Chromatiales）是已知目类中的优势菌群，分别占总数的20.75%、7.58%和5.86%。在属水平上，乳球菌属（Lactococcus）占优势，大约占序列总数的18.81%。样品中有多达44.45%序列尚未分类到属级分类单元。34323
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毕业论文关键词：454高通量测序；嗜盐细菌；多样性；盐湖；16S rRNA
The Research of Halophilic Bacteria Diversity in HuaMaChi Salt Lake
Abstract: The experimental study of halophilic bacteria using PCR amplification of total gene sequences , using 454 high-throughput sequencing methods to detect the 16S rRNA gene sequences. After searching in NCBI database, using taxonomic methods to analyse halobacteria persity of Huamachi salt lake. The final statistical analysis for the 26698 optimization sequence and 207 OTU . The sequence of halophilic bacteria can be classified as 10 phyla, 15 classes, 31orders, 56 genera. The environmental advantages of microflora are the Firmicutes, Proteobacteria, Bacilli, Gammaproteobacteria, Lactobacillales, Pseudomonadales , Lactococcus ,respectively, of the total sequence of 24.12%, 20.01%, 23.06%, 19.42%, 20.75%, 7.58%, 18.81% . On the level of genus, Up to 44.45% Sequence of samples have yet to be named.
Keywords: 454 sequencing; halophilic bacteria ; persity ; salt lake; 16S rRNA
目录
引言 1
1 材料与方法 2
1.1实验材料 2
1.1.1样地概况 2
1.1.2获取水样 2
1.2具体实验流程 2
1.2.1宏基因组DNA提取 2
1.2.2 宏基因电泳检测与分析 2
1.2.3 设计并合成引物接头 2
1.2.4 16S rRNA基因的PCR扩增和产物纯化 3
1.2.5 PCR扩增产物定量和均一化—荧光定量 3
1.2.6 454 pyrosequencing测序 3
1.3测序数据处理与统计 3
1.3.1 有效序列数据处理与统计 3
1.3.2优化序列数据处理与统计 3
1.4 分类单元OTU统计与分析 3
1.5 群落组成分析 4
2实验结果与数据分析 4
2.1 454测序结果 4
2.2 嗜盐细菌的丰度对比 4
2.3嗜盐细菌的多样性指数分析 5
2.4嗜盐细菌多样性特征分析 6
2.4.1嗜盐细菌在门水平上的多样性分析 6
2.4.2嗜盐细菌在纲水平上的多样性分析 7
2.4.3嗜盐细菌在目水平上的多样性分析 8
2.4.4嗜盐细菌在属水平上的多样性分析 10
3.讨论 12
致谢 13
参考文献 13
引言