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乳酸杆菌是能使糖类发生大量发酵的一类细菌，它广泛存在，在人体肠道中PH为5.5-5.6时最适生存，是耐酸性最强的无芽孢杆菌。陈欣等人在2007年开始研究时，从正常人体的粪便中提取乳酸杆菌，研究其对常用药物的耐受性，发现对万古霉素这种药物的耐受性是最强的，对一些抗生素比如青霉素、红霉素等耐受性表现较为敏感[7]。陈欣等人研究发现乳酸杆菌对青霉素和氨苄西林具有完全敏感[8]。在目前对乳酸杆菌的研究中，张立营等运用Real-time PCR技术对肠道中的乳酸杆菌分析发现乳酸杆菌之间并没有统计学差异(P>0.05)[9]。
肠道中的有害菌有代表性的是金黄色葡萄球菌和溶血性链球菌，这些菌一旦大量繁殖，会产生一些有害物质毒害人体，严重时则会影响人体机体免疫系统。
金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是一种常见的人类致病革兰氏阳性菌，广泛存在于环境当中。王丽春等人的研究发现，在医院金黄色葡萄球菌的感染比较常见，这种感染情况多发生在有严重基础疾病及接受侵入性操作的患者，也就是说抵抗力比较入得患者身上，其中对患者肺部的感染最为常见，但是，这种菌对糖肽类药物敏感性却比较高[10]。
溶血性链球菌又称沙培林，扁桃体、咽部、中耳等部位感染通常是由它常会引起，肾盂肾炎、猩红热的病原体也是它。根据其溶血性质常分为α，β，γ三种不同的溶血性链球菌。
中性菌，对机体有益也有害的一些细菌，日常生活中也比较常见，例如大肠杆菌、肠球菌等。在菌株繁殖正常的情况下，对机体是并没有损害作用反而在某种程度上有益于身体健康；但是有时也会引起一些健康问题，这种情况发生在菌株增值失控，或者群的生长位置发生了转移。
大肠埃希氏菌（Escherichia coli），也称大肠杆菌，是一种人体病原菌。研究人员对健康人的肠道中大肠杆菌进行耐药性测定，发现其对6种抗生素的耐药率超过了35.00％[11]。在张弘的研究当中，测定了大肠杆菌对21种抗生素的敏感性，发现86%的菌株对抗生素具有耐受性，这其中有83株菌对三种以上的抗生素是具有耐受性的，多重耐药性达到了55.3%，耐药菌株的耐药性表现在传统抗生素药，例如四环素、磺胺、氨苄西林等[12]。目前为止，对人肠道内大肠杆菌没有更多的研究方向。
肠球菌会引起人和动物腹腔和盆腔感染。在杨洋等人的研究当中，通过一系列方法测定了从健康人体肠道中提取的肠球菌对几种抗生素的敏感程度，发现对头林可霉素、孢唑啉和庆大霉素的敏感性最高（100%），其次是红霉素和四环素在其次(90.00%)，表现出有一定耐受程度的有利福平和环丙沙星 [13]。其他研究发现，肠球菌耐药性的增强会促进生物膜的形成[14]。在近年研究中已证实了肠球菌有一定程度的致病力，如肠球菌可以引起皮肤软组织感染、尿路感染、脑膜炎、败血症、腹腔感染、心内膜炎等疾病。
花青素(Anthocyanidin)，是一类常见的水溶性黄酮类化合物，常作为天然色素使用，一般花青素还会影响植物花瓣的颜色[15]。在Rachel等人的调查中，制酒行业中，花青素的浓度可能会增加溶解度和萃取到的葡萄酒单宁[16]。花青素类色素广泛存在于各类有色植物或水果组织中，比如紫苏、桑葚、紫甘薯、葡萄、红莓等，颜色表现可受许多因子的影响