1.2 茄科植物MLO家族蛋白的系统进化分析
为构建系统进化树,将获得的茄科及其它植物Mlo基因的蛋白序列提交到muscle(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/)在线工具上,利用默认条件对这些序列进行比对,接下来保存比对结果,然后将这个比对结果提交到BioNJ在线工具上(http://www.phylogeny.fr/),在参数默认条件下,系统进化树被构建。为提高系统进化树的精确性,本研究还利用MEGA 4.0.2 [17]软件,选择近邻算法(NJ)构建系统进化树,然后比较两种方式构建的系统进化树之间拓扑结构,系统进化树具有一致性,这说明本研究构建的茄科植物MLO家族蛋白的系统进化树可靠性较高。
1.3 茄科植物MLO家族蛋白的保守基序分析
继系统进化分析之后,我们想了解茄科植物MLO家族蛋白功能保守区段以及位点,这些区段或位点与MLO家族蛋白的功能具有密切关系。因此,利用MEME软件[18],对拟南芥、水稻、番茄和土豆Mlo家族蛋白的保守基序进行分析,参数设置如下:保守基序数目10个,E值=1e-3,最小保守基序长度6,最长保守基序长度150,最大氨基酸位点数为150,最小氨基酸位点数为6,其它条件默认。
2 结果与分析
2.1 茄科植物MLO家族基因的鉴定
通过对拟南芥、水稻、番茄与土豆Mlo家族基因系统全面的研究分析并测出了他们的基因ID和蛋白ID,通过测序发现,拟南芥中含有有15个Mlo成员,它们分别是AtMlo1, AtMlo2, AtMlo3, AtMlo4, AtMlo5,AtMlo6, AtMlo7,AtMlo8,AtMlo9,AtMlo10,AtMlo11,AtMlo12,AtMlo13,AtMlo14,AtMlo15,而水稻中含有14个Mlo家族成员,分别是OsMLO1,OsMLO2,OsMLO3,OsMLO4,OsMLO5,OsMLO6,OsMLO7,OsMLO8,OsMLO9,OsMLO10,OsMLO11,OsMLO12,OsMLO13,OsMLO14。对于番茄和土豆他们都含有17个Mlo家族成员,分别是StMLO1- StMLO17,SlMLO1- SlMLO17。通过对以上基因序列以及其基因ID和蛋白ID的总结和分析总结得到下表。
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