马铃薯热激转录因子的全基因组鉴定与分析(3)

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1.4 基因的共线性分析

为阐明马铃薯HSF基因之间的共线性关系，笔者以马铃薯HSF基因的ID或序列为探针，分别利用PGDD[18]和Genomicus数据库[19]中的共线性信息分析这些马铃薯HSF基因之间，是否具有共线性。为显示共线性结果，笔者将以共线性为特点的片段重复，以相互紧挨的串联重复都通过标记方式展现在染色体定位图中。

1.5 序列比对与系统进化关系分析

为了阐明马铃薯HSF基因亲缘关系，笔者将拟南芥、水稻和马铃薯的HSF蛋白作为比对的对象，利用高性能比对工具ProbCons对这些蛋白进行比对分析。比对结果直接被提交到Phylogeny.fr网站[20]的PhyML工具，该工具可以构建极大似然进化树。极大似然树的可视化过程由TreeDyn工具完成，同时手工调整极大似然树的拓扑结构，进而形成一个合理的进化树。

1.6 基因的表达情况分析

为了探明重复基因对之间的表达分歧情况，笔者以马铃薯雄蕊、成熟果实、块茎(2个样本)、成熟块茎和不成熟果实等32个组织或器官为研究对象，分别考察2个重复基因在这些组织或器官中表达情况。本研究选择的重复基因对之间，均具有较高的共线性，同时利用已知RNA-seq数据，最后计算出FPKM值，这个值可以间接表征马铃薯HSF基因的表达情况。