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原生动物是水生生态系统食物链中的重要环节之一。因为其种类多、丰度大，所以它们所形成的复杂的种类聚合体组成了水生生态系统中完整的生态单元，也显示了整个生态系统许多结构和功能方面的特征。因为它们是单细胞生物，有着对于环境微小变化敏感的特点，故而在不同水体中原生动物的分布有着显著的差异。显然，这种差异与水环境密切相关，因此原生动物在不同水平被广泛用于环境质量的评价和监测。其中，Margalef多样性d 值的高低可以表示原生动物种类多样性的丰富或贫乏状况，也可以通过d值反映出水质的优劣程度。d 值越高，则表明水质越好。正因如此，原生动物的多样性是研究水质状况中关键。
1.原生动物
1.1原生动物简介和功能
原生动物是动物界里最原始和最低等的一类单细胞动物，约有3万种。原生动物身体微小，一般都需用显微镜才能看见，其中最小的只有2~3微米，一般多在10~200微米。然而，原生动物体型虽小，仍具有整的新陈代谢的生理机能，如运动、消化、呼吸、排泄、感应、生殖等，是一个完整的有机体。原生动物生活领域十分广阔，可生活于海水、淡水、以及土壤中或寄生在其它动物体内。其中，在水生生态系统食物链中，原生动物是重要环节之一，发挥着十分重要的生态功能作用。
作为湖泊四大浮游动物类群之一，原生动物在湖泊生态系统占有重要的地位。在水生生态系统中，原生动物扮演者捕食者和被捕食者，通过自身的摄食和吸收作用，使较复杂的物质转换成较简单的成分，将能量进行转化促进了水体中物质循环与能量流动，所以说原生动物在水生态系统中扮演重要的作用。
1.2历史背景
在生态研究和环境质量控制以及管理方面，微型生物的重要性越来越受到广泛学者的关注。原生动物作为四大浮游生物的其中之一，深受广大研究者的喜爱，常被应用于研究水质生物监测，即所谓的生物指示剂。近几十年以来，我国的原生动物事业获得了迅速的发展，许多新的领域逐渐被开创。环境保护方面的生物学研究刚刚开始的时候，我国学者已经在原生动物分类、区系方面结合环保方面进行了大量的工作，对我国应用原生动物评价工作的开展起到了推动的作用。
然而，原生动物的生态学研究存在着许多困难：首先，原生动物个体微小，绝大部分种类个体大小在10~200微米，一般必需借助显微镜才能进行观察；其中有些类群（如纤毛虫）具有极其复杂和多样的细胞结构，许多（如纤毛图式）特征的鉴定必须通过特别的染色制片才能得以揭示，因而对水环境中的各类原生动物进行准确鉴定是非常困难的。即使如此，越来越多的原生动物种类被认为是水体污染的指示生物，从而被人们采用。
1.3研究现状
1.3.1原生动物研究发展
1.3.2国外研究现状
1.3.3国内研究现状
1.4原生动物在水质评价中的应用
水环境的变化过程可以通过对原生动物群落结构的长期监测较好的反映出来。因此，在监测方面，评价河流、湖泊水质等方面，原生动物得到了广泛应用，并取得了良好的效果。
许木启等研究认为原生动物可以作为污水净化过程的指示生物[7]。在受污的水体中，原生动物可以通过捕食、消化和分解作用从而促进了水体中物质的循环和能量的流动，最终使水质得以澄清。因此，原生动物群落结构和功能的特征能够客观地反映废水处理的效能。总而言之，通过直接观察和分析原生动物群落的变化，可以预报废水处理系统的运转效果。