1.6同源比较和进化分析 4
2. 结果与分析 4
2.1小麦COX VIIa序列的基本理化性质分析 4
2.2小麦COX VIIa序列亚细胞定位, 跨膜与疏水性分析 5
2.3小麦COX VIIa蛋白序列电子表达、保守结构域分析 6
2.4二级结构预测,结构建模及评价 7
2.4.1二级结构预测 7
2.4.2三级结构预测,对三级结构预测结果的评价 7
2.5 垂直同源序列的比较和进化分析 8
2.5.1小麦COXVIIa蛋白序列垂直同源序列的比较 8
2.5.2 进化分析 9
3. 结论与讨论 10
参考文献 11
致 谢 12
小麦COXⅧa序列特性及进化分析 引言
线粒体是真核细胞中的双层膜封闭的半自主性细胞器[1],它在细胞凋亡、活性氧(ROS)的生成和能量的产生等过程中具有及其重要的作用[2]。细胞色素C 氧化酶是真核细胞中线粒体呼吸电子传递链的第四个中心酶复合物,可以接受还原态细胞色素C的四个电子,并传递给氧气分子,将氧气转化为两个水分子[8],且在进行磷酸化反应时偶联着ADP的生成,磷酸化过程中所释放的能量被存储于生物体最基本的能量分子ATP中[3],供细胞的正常生命活动需要。
COX是生物体在细胞中进行氧化反应和合成ATP过程中最关键的限速酶,是一个由13个亚基组成的复合蛋白体[4]。COX与炎症[8]、胃肠、肿瘤[1]和心血管等疾病密切相关。现已证明,COX I是细胞中血小板在表达的唯一同工酶,除此之外,COX I在炎症的形成过程中也十分重要,它既参与其形成又会使之加重,而COXII与炎症的形成关系不是很大,似乎与其早期的病症有关[11],主要的是在慢性炎症阶段表现出拮抗的作用。另外COXII还可以通过参与调节的方式来对胃实施保护作用,比如调节胃上皮细胞的增生,调节黏膜对应激性损伤抵抗力的强度等。最近有研究表明,COX的几个亚基在一些诱导下表达出改变其酶的活性或者功能,另外,在中国春小麦3B染色体上发现COX Vc和Vb 和COX亚基基因有些相似,但还有待进一步验证[5]。
而到目前为止,有关COXVIIa的研究还很少,其结构和功能也不清楚。,源^自#751^文/论`文]网[www.751com.cn因此,分析COXVIIa序列特性及进化已成为迫切的问题。本文对小麦COXVIIa序列特性及进化进行生物信息学分析,为进一步研究其结构与功能之间的关系提供理论依据。
1.主要内容和研究方法
1.1 序列查询和下载
在NCBI数据库中输入关键词Cytochrome c Oxidase(COX)、Ⅷa亚基、Sequence analysis ,找到小麦COXVIIa的序列并下载,如下:
ACAACGCTACCCCCAAATCCCCAGCCTCCAGATCCACCCGCCGCCGC
CGCCACCCCCGTCGCTTCCCGCCCCCCGCGCGCCCCAGCCAGCCAGG
ATG ACG CTC GAA GAA GCA CCA TTT TAC CCA CGC GAG
M T L E E A P F Y P R E
AAG CTC GTT CAG AAG CAG CAG TAT TTC CAG AAG CTG
K L V Q K Q Q Y F Q K L
AGC AAG CAT ATC CAC CTT AAA GGC CGT TAC GAT GTG