1 材料和方法
1.1 抽样物种
本文的抽样物种为人类,对人类Prx5基因和蛋白功能分析。
1.2 研究方法与工具
1.2.1 氨基酸序列分析
利用Protein-BLAST(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein)同源搜索其保守结构域,确定其可能的功能。
1.2.2理化性质分析
利用ExPASy网站的Protparam(http://expasy.org/ proteomics,http:// web .expasy. org/cgi-bin/protparam/protparam)工具预测蛋白质的基本理化性质。
1.2.3 亚细胞定位、跨膜区、信号肽分析和磷酸化分析
利用TargetP进行亚细胞定位分析,在http://expasy.org/proteomics上利用TMHMM工具分析蛋白质的跨膜区和跨膜方向,利用SignalP 4.1 Server软件预测氨基酸进行前导肽预测,NetPhos 2.0 Server软件预测磷酸化作用位点。
1.2.4 二级结构、球蛋白区预测
利用SOPMA工具预测蛋白质的二级结构,利用GlobPlot软件(http://globplot. embl.de/)对Prx5蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测。
1.3.5对Prx5蛋白的进化分析
利用DNAMAN软件将人Prx5蛋白与其近缘动物Prx5蛋白序列进行同源比对并构建进化树。
2 结果与分析
2.1 Prx5蛋白序列分析
对氨基酸序列进行Protein-BLAST同源比对,结果(图1)表明,该蛋白不存在保守结构域,其蛋白属于Thioredoxin超家族。该蛋白质序列如下:
>gi|109731385|gb|AAI13724.1| Peroxiredoxin 5 [Homo sapiens]
MGLAGVCALRRSAGYILVGGAGGQSAAAAARRCSEGEWASGGVRSFSRAAAAMAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
图1 Prx5蛋白保守结构域预测图
2.2 Prx5蛋白理化性质分析
- 上一篇:可磁分离的BiFeO3AgI对大肠杆菌的杀灭效应
- 下一篇:交联壳聚糖对偶氮染料的脱色研究
-
-
-
-
-
-
-
当代大学生慈善意识研究+文献综述
杂拟谷盗体内共生菌沃尔...
河岸冲刷和泥沙淤积的监测国内外研究现状
酸性水汽提装置总汽提塔设计+CAD图纸
电站锅炉暖风器设计任务书
中考体育项目与体育教学合理结合的研究
java+mysql车辆管理系统的设计+源代码
乳业同业并购式全产业链...
大众媒体对公共政策制定的影响
十二层带中心支撑钢结构...