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在劳农学院毕业之后，蒋同庆前往杭州西湖蚕种制造厂担任技术员和讲习所教员。在家蚕育种工作的这几年中，蒋同庆碰上不少难题却无从请教。蒋同庆深感才学不足以及当时中国家蚕遗传学上的滞后，于是立下出国求学报效祖国的誓言。在上个世纪30年代，日本的家蚕遗传学得到了迅猛的发展，蒋同庆制定了去日本求学的计划。在叔父的资助下，蒋同庆于1933年3月赶赴日本留学。蒋同庆仅仅用了40天时间在东京高等预备学校学习日语，其阅读、写作能力就有了迅速的进步。同年5月，蒋同庆转赴日本广岛县蚕业基地试验研究院学习蚕育种。基于先前在杭州的工作经验，蒋同庆通过细心的比较和思考，很快蚕育种理论与技术有了明显的提高。1933年底，蒋同庆有幸经中华农学会介绍，前往日本九州帝国大学农业部桑蚕研究室，师从当时在日本家蚕遗传学研究领域享有极高名望的田中义麿。当时田中义麿已经发表了较为系统的蚕学著作，是日本育种学会和日本遗传学会的创建人之一。在田中义麿教授的悉心指导下，蒋同庆的家蚕遗传学理论得到的很大的提高。蒋同庆在日学习期间展现的学习天赋，得到了田中义麿教授的高度赞扬。田中义麿极其喜爱这个中国留学生。源^自·751·文.论,文'网]www.751com.cn
后来，由于抗日战争的爆发。日本政府甚至将蒋同庆以“间谍嫌疑人”的罪名拘留，后来经田中义麿教授多方搭救，才得以保释[3]。几经辗转，蒋同庆终于在1938年3月回国。
归国后，蒋同庆先后在中山大学、江苏教育学院、四川大学、中央技艺专科学校、云南大学等高等院校的蚕桑系担任副教授和教授。参加工作之后直到晚年，蒋同庆始终坚持教书论著，培养人才，兢兢业业，孜孜不倦。为中国遗传学和家蚕遗传学做出了重要贡献。
1939年，蒋同庆受中山大学的邀请担任副教授，开始了长达40多年的家蚕品种保育工作，直至生命的结束。由于抗日战争广州沦陷，中山大学蚕桑系在越南河内建立工作站用于保育家蚕品种。这些家蚕品种在战火中保存下来十分不易。为了保育这些品种，蒋同庆义无反顾地奔走于云南和河内之间。1941年，中山大学迁往粤北，河内工作站又一次迁往桂林，于是蒋同庆不离不弃奔走于桂林和粤北。随后的几年中，蒋同庆不断地工作和治学，完成并发表了多篇重要论文。
1952年由于院系调整，蒋同庆被安排至西南农业学院担任教授，并担任养蚕教研室的主任和家蚕遗传育种室主任。在教期间，蒋同庆十分注重科学人才培养。对于科学界新人予以最大的宽容和指导。蒋同庆在课堂授学方面要求十分严谨，对于自己所带的新教师，每逢上台讲课之前，必然经过严谨的检查和指导才能放心的让新教师上课。在西南农业学院期间，蒋同庆充分利用各种资源，将自己的蚕学理论进一步完善。发表了一系列重要的文章，翻译和编写了多本具有重要意义的蚕学基础教材。初步建立了具有鲜明时代特性的家蚕遗传育种学学科体系。